谈到不这次人事变动，杨杏佛说，与“革命势力已达长江，黄炎培、丁文江相率辞职”有关，其目的是为了“和缓各方之空气”。他还说，当年北京各团体选举中基会时，蔡元培和汪精卫得票最多，但是郭秉文却“藉口孟禄、曹锟之反对，不使入选”，从而使中基会沦为“少数私人垄断中国文化之工具”。杨的话是1928年6月在写给外交部长王正廷的信中讲的，当时杨是大学院副院长（院长蔡元培），大学院是管理全国学术教育的最高行政机关，因此这封信见报后影响极大。尽管任鸿隽也承认“杏佛所说有许多并非事实”，但这件事表明南京国民政府成立后，中基会所面临的严酷处境。
1928年6月底，酝酿多日的中基会第四次年会还未召开，社会上已经是满城风雨、谣言四起了。当时不仅郭秉文、丁文江等人不能为新政权所容，就连胡适也好像也大祸临头。
7月上旬，朱经农寄给胡适一份剪报，内有北京市民大会电请国民政府通缉段祺瑞等人的消息，大会还要求将胡适作为“三一八”惨案的“附逆党徒……一体拿办”。
7月27日，《民国日报》有消息说：蔡元培在“国府席上，提出的改组中华教育文化基金董事会案，即任命胡适、贝克、贝诺德、孟禄、赵元任、司徒来登（即司徒雷登）、施肇基、翁文灏、蔡元培、汪兆铭、伍朝枢、蒋梦麟、李石曾、孙科、顾临等为董事，……还提出了中华教育文化基金董事会章程修正如下：原章第三条‘董事由大总统任命’，以后缺出‘由董事会自选继任董事’，改为‘……董事任期三年，期满由大学院根据全国学术界公意，提出人选，呈请国府另行任命’。”
胡适将此类剪报保存在日记中，还在上述“章程修正”后加了“此条最无道理”的眉批。
为什么说“此条最无道理”呢？胡适在8月11日写给蔡元培的信中做了解释。
他说：“文化基金董事会章程的基本原则为脱离政治的牵动，故董事缺额由董事会自选继任者。前年我们在上海所拟英国庚款董事会的组织，即依此原则为标准。今忽废去此条，改为董事三年期满由大学院呈请政府任命，便是根本推翻此原则了。”
这就是说，按照原章程规定，董事会一旦成立，其人事变更以及各项事宜就应该脱离政治，不再被政府左右。这个“基本原则”不仅保证了中基会及其教育文化事业的独立，也为其他国家退还庚款树立了榜样。然而由蔡元培提出的章程修正案，却从根本上推翻了这个原则。
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