胡适还对蔡元培说：提出这种建议的人也许是“以为当日政府不良，故须防政治的牵动；今为国民的政府，不应防御其干涉了”。这种想法看似有理，然而“事实上政治是否完全，是否尽如人意，谁也不敢担保”。何况“先生在大学院，能有几年，大学院自身能存在几时，都不可知”。因此学术文化教育事业对于政局的变动和政治的干涉，“似亦不可不防”。此外，胡适还为张伯苓、周诒春等董事作了辩护。
为此，胡适在当天日记中说：“写了一封信给蔡先生，讨论中华文化基金会的事。此事我若不开口，别人更不开口了。故我不能不说几句话。”
第二天，胡适还就此事与傅斯年作了长谈，并表示准备辞去大学院委员和中基会董事。对此，傅斯年当即进行了劝阻，后蔡元培得知后，也来信好言相劝。只是，这两个人对这个问题都没有胡适敏感，也没有看到问题的严重性。
8月31日，胡适在日记中写道：“中华文化基金会事，我本想辞了不干，但叔永（任鸿隽字叔永）力劝我勉强不要辞，将来或可尽点维持之力。我不忍太坚持，只好暂搁起来再说。”日记之后，还有一份大学院公函、一份剪报、一通周诒春致任鸿隽的信。前两份材料证实上述改组方案已获国民政府批准，后一封信则谈到贝诺德、顾临和司徒雷登等美方董事对修改章程的担忧。
在此期间，孟禄和蔡元培等人曾通过函电往来讨论此事。孟禄认为，中基会的组织管理应该相对独立于政府，不受政局变动的影响；如果擅自进行改组，不仅无法保证董事会的连续性，还会引起不必要的外交冲突。蔡元培则强调：“因为中华基金会的中方成员是曹锟委派的，所以政府对此会的改组是必要的。”
10月4日，《时事新报》发表《大学院改组教育文化基金董事会说明》，内称自国民政府明令改组中基会以后，大学院多次接到外交部来函来电，通报美国方面的反映。这些反映可以归纳为三点：一是改组董事会以及修改章程没有得到美国政府同意，违背了原来的约定；二是董事会是非政治机构，不应该受政局变化的影响；三是原章程规定董事应该自选，如今由政府委派，违背了自选原则。
对于这些意见，大学院的解释是：第一，美国退还庚款，本来是无条件的，因此这次修改章程和改组董事会不需要征求美国政府同意。第二，董事会成立时，曹锟政府曾拒绝学术教育团体推举的人选，这说明此事一开始就无法脱离政治。第三，由贿选总统任命的这个董事会，是不可能通过自
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