选方式来完成其更新换代的；只有对它进行改组，才能走上非政治的道路。而在此之前，蔡元培为了辞职已经携带家眷离开南京，由杨杏佛代行其事。这好像证明了胡适的先见之明。
尽管大学院的解释振振有词，但是早在9月13日，胡适就收到杨杏佛以大学院名义发来的一份公函，内有“现准孟禄来电，请从缓改组中华教育文化基金董事”等语，并请胡适、蒋梦麟“将这次改组理由及补救办法”，向孟禄详细解释，以免引起误会。可见杨杏佛等人虽然表面上嘴硬，实际上已经在寻求妥协和退路了。
问题是中基会的改组不仅引起了误会，还涉及到两个重要的问题。
第一是外交和法律的问题。
按照规定程序，美国退还的第二批庚子赔款，是在中基会成立之后，由美国总统签署命令拨付的。现在中国政府对它进行改组，等于说原来的受款机构已经不复存在，即美国政府已经失去付款对象，不能继续付款了。美国是一个法制健全的国家，要想改变这种令人尴尬的状况非常困难。可见南京政府改组中基会之举，过于草率。
第二是观念和影响的问题。
按照杨杏佛等人的想法，既然国民革命已经成功，国民政府（即“国民的政府”）已经成立，那就应该对中基会进行改组，因为它毕竟是由贿选总统曹锟任命的。但是他们没有想到，越是一个好的政府，就越应该尊重学术文化教育的独立。这是现代社会的一个最基本的原则。何况政府的“好”“坏”是相对而言、不以个别人意志为转移的客观存在。因此，假如一个“好”的政府不能保护学术文化教育的独立，那就很可能为“坏”的政府破坏这种独立留下借口，甚至是开了先河。对于这个问题，孟禄教授有一句非常精辟的话。他说：“如果一个出于最善良动机的好政府可以干涉董事会的运作，那么一个带有自私动机的坏政府也可以做同样的事情。”
1928年10月，南京国民政府因改制而取消大学院，并在行政院之下设立教育部。11月下旬，胡适收到新任教育部长蒋梦麟来信，讨论中基会改组的事应该如何补救。蒋根据孟禄、任鸿隽的意见，提出由教育部召集原来的董事开会，让政府不喜欢的5人辞职，再补选5名新的董事。至于修改章程的问题，可以由新董事会讨论解决。蒋还说，等到孟禄抵达上海后，就可以开会。
12月3日，蒋梦麟电邀胡适抵达南京，并于当晚宴请胡适、蔡元培、任鸿隽、王宠惠、罗家伦、孙科等人。胡适曾对孙科说，事已至
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