发酵食品的忌口人群发酵食物虽然进行了营养和口感的双重升级，但每类食物都有忌口人群。
奶制品建议选择选择低温存放、糖含量低的酸奶，钠含量低的奶酪。奶酪脂肪和热量较高，高血脂、肥胖人士应少吃。
豆类发酵品比如黄豆酱的缺点是太咸，炒菜时可以用来代替盐，因此高血压患者应少吃，肠胀气患者也尽量少吃发酵食物。发酵主食最好选择全麦馒头和全麦面包，自己制作时尽量不要添加糖、食用油、盐等，以免额外摄入过多热量和盐。痛风患者在急性发作期最好少吃发酵主食，但在疼痛缓解或疾病控制阶段，可以有节制地食用。
醋、果醋购买总酸度高、味道酸香浓郁、柔和不刺激的醋。对于果醋来说，胃酸分泌过多者应浅尝辄止。
自制发酵蔬菜时，应选用含矿物质较多的硬水，能让食材保持脆嫩。发酵期间，亚硝酸盐含量先升后降，一般20天后会降至安全水平。切记不要买刚腌渍几天的“暴腌菜”或不卫生的产品，这类产品可能存在亚硝酸盐超标问题。泡菜、酸菜等往往盐含量较高，不要过量食用。