但同明的关系也好坏无常。住在大兴安岭南部的蒙古科尔沁部与住在大凌河以北的蒙古喀尔喀部，倾向并依附后金，常与后金配合，袭扰辽东。
万历朝鲜战争后，辽镇的战斗力开始下降精锐损失殆尽。短时间无法恢复据户科都给事中李应策统计，辽东原有兵额95000，至万历二十八年（1600年）只有40000，也就是说减少了60%；壬辰战争后，辽东兵力之不足、防御之单薄可见一斑。明朝晚期，因忙于镇压关内农民起义及高淮乱辽，无力顾及辽东防务，驻守辽东的明军，训练荒废，装备陈旧，缺粮缺饷，虚额10余万，实有兵不过数万。加上政治腐败，守备分散，军队战斗力差。在辽东形势日益严重的情况下，徐光启对女真人的战略则与鞑靼不同，且不断变化。他首先提出练精兵，联合朝鲜和北关（海西女真的叶赫部）的军事进攻战略。他认为以训练的精兵出关，“益以辽士二万，北关一万，更欲徵朝鲜二万，两路牵制，一路出攻，约周岁之内，可以毕事”。为了联合朝鲜，他请求亲自出使朝鲜。后来的萨尔浒之战，明廷虽然采用联合朝鲜和北关的战略，但第一没有精兵，第二战争指导错误，不是一路出击而是四路出击，互不协调。当时徐光启就指出：“四路进兵，此法大谬”，并预言努尔哈赤一定“并兵以应一路，当之者必杜将军矣”。事实果如徐光启所料，努尔哈赤集中兵力，各个击破，首先迎击杜松，致使明军大败。