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1958年，吴孟超翻译并出版了我国第一本肝脏外科方面的专著——《肝脏外科入门》，同年组成了以吴孟超为首的旨在攻克肝脏外科为目标的“三人研究小组”。
历经无数次失败，吴孟超和团队制成了犹如珊瑚般美丽的肝脏管道的铸型标本，在对肝脏血管的走向和分布规律了如指掌的基础上，提出了肝脏解剖学上的“五叶四段”的创新理论。
曾因总手术成功率91.2%震惊国际医学界
1960年，吴孟超主刀为一位中年女患者成功切除了肝癌，成了第二军医大学第一附属医院（上海长海医院）的第一例成功肝脏手术。同年发明了“常温下间歇性肝门阻断切肝法”。
次年，吴孟超发现了“正常和肝硬化肝脏手术后生化代谢规律”，并据此提出了纠正肝癌术后常见的致命性生化代谢紊乱的新思路与新策略。紧接着突破了“中肝叶”手术的禁区，令世人震惊。
上海科教电影制片厂鉴于吴孟超的一系列基础理论与临床实践的创新与成就，还为他拍摄了《向肝脏外科进军》的彩色纪录片。
文革期间，吴孟超因是归国华侨被扣上了“反动学术权威”的帽子。他随第二军医大学由上海迁往西安，自学中医，当上了“一根银针一把草”的赤脚医生。
借军队医学院整顿的好时机，吴孟超向医院党委申请成立独立的肝胆外科获批，实现了他肝胆事业上的第一次飞跃。
1975年，吴孟超神奇地一刀切除了迄今为止国内外最大的已被切除的肝海绵状血管瘤，瘤体重18千克。同年7月，第二军医大学奉命迁回了上海，随后，吴孟超率先在上海进行了18万人次的肝癌普查，开展肝癌早期诊治的课题研究。
1979年9月，在美国旧金山举行第28届国际外科学术会议上，吴孟超作为中国代表团的团员出席，以1960年1月至1977年12月期间切除治疗原发性肝癌181例，总手术成功率91.2%的经历，震惊了国际医学界。会上，吴孟超被增选为国际外科学会会员，作为国际医学界对中国的肝脏外科学的肯定。
在学界树立威信后，吴孟超带头招收研究生，数十年来培养了不少学有专长的高端人才。这期间他还相继提出了肝癌外科治疗的一系列策略：对巨大肝癌的“二期切除”；对肝硬化肝癌的局部根治性切除；对肝癌复发再手术……
作为一名战略型医学科学家，吴孟超提出“要把基础研究放在比临床治疗更重要的
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