亲自统领。从此，八旗形成了上三旗和下五旗的格局。上三旗作为皇帝的亲兵，由皇帝直接统领。
清朝入主中原后，多尔衮成为满清第一号人物。小皇帝顺治（皇太极第九子）对他又恨又怕，无奈地尊称他为皇父摄政王。
在然后在顺治五年也就是公元一六四八年， 多尔衮诬陷豪格，将其下狱。同时，他调任多尼（多铎次子）、阿济格顶替豪格成为zlq旗主，而他自己则担任正白、镶白两旗旗主。此外，他还将zlq调出上三旗，将自己的正白旗调入。此后，上三旗和下五旗未再变动。
多尔衮死后，顺治皇帝终于扬眉吐气对死后的多尔衮进行了清算，原来由多尔衮所领的两白旗也重新易主。正白旗作为上三旗之一，收归皇帝本人统领。镶白旗则由豪格之子富绶担任旗主。
此后，八旗的格局为：皇帝统领上三旗分别是正黄、镶黄、正白；礼亲王（代善世系）统领正红、镶红两旗；肃亲王（豪格世系）统领镶白旗；豫亲王（多铎世系）统领zlq；郑亲王（济尔哈朗，舒尔哈齐之子）统领镶蓝旗。
清朝初中时期，旗主的权力还是非常大的。后来经过几代皇帝的不断分化，从清朝中后期开始，八旗实际控制人都是皇帝本人了。
八旗之间原则上没有排名先后之分，也无实力强弱之分。八旗中的旗人在待遇上也没有任何差别，不存在上三旗旗人比下五旗旗人享有更多福利的情况。但上三旗包衣和下五旗包衣在待遇上差别巨大，前者是吃皇粮，后者是领王府俸禄。
此外，上三旗旗人比下五旗旗人拥有更多机会，比如皇宫内廷侍卫一般都是上三旗旗人才能担任。在上三旗中，头旗为xhq而不是正黄旗。下五旗则完全没有先后之分。