宁夏大同仍是直辖，而在其它地方，如西套，现在是汉蒙混居，朝廷直辖几座城池，迁移汉民屯垦，也把一些内附的蒙古牧民安置，采用的是编户齐民的模式，不再隶属都护府都督府，不由蒙古王公自治。
而在后套和鄂尔多斯以及青山北，则采取的是蒙古自治，加上朝廷设立的一些县，如包头、九原等，朝廷的府县和蒙古的都护、都督府不重叠，各自为政。
在朝廷府县界内的，则由朝廷编户征税管理，在蒙古都护都督府内的，仍是由蒙古各部王公管理。
朝廷做了些让步，但其实是已经深入草原了。明中叶时退出了河套后，也就剩下了宁夏西套，其余鄂尔多斯、前后套都为蒙古所有，蒙古左翼以河套为中心，在这边已经稳定一百多年了，现在能够拿回前套，也是因为前套的土默特被林丹汗、后金给反复打残了。
清廷对土默特已经是实行内属管理不能自治了，朱以海也就趁机再进一步，直接设府县，隶属于绥远省，背靠大同、朔州，南临偏关，将这块肥沃的敕勒川收回。
部份蒙古牧民，直接编户齐民。对于实力依然还很强的鄂尔多斯，朝廷没急着下手，而是先安抚，鄂尔多斯和后套加上青山、狼山外，划给他们，设一个都护府十二个都督府，由他们自治，暂时形成了一个犬牙交错的这么一个形势。
漠南蒙古虽然设了三个都护府，册封三汗，其中就有土默特汗，但这个土默特是当年俺达汗孙子葛尔图躲避察哈尔东迁成为土默特东路或是别部，现在册封为汗，统领右路十二部。
当年居住西路的，从俺答汗经四代传到博硕克图汗，不肯归附林丹汗，还曾联合诸部在土默特赵城把察哈尔四万多人马击退，还曾击败了林丹汗请来的明朝援军三千。
但是他死后，林丹汗趁乱攻克归化城，征服了土默特部，博硕克图汗的儿子俄木布降清，结果后来后金说他们谋反，被剥夺统辖部众之权，取消部落王公爵位，由异姓的古禄格、杭高等统领。
左翼衰弱，曾经的三万户在俺答汗和三娘子统领下，也曾经是让大明都被迫封贡和议，与之互市，还赐封顺义王的。
曾经他们把宗主察哈尔都赶到大兴安岭去了。都说富不过三代，但蒙古往往强不了三代。
达廷汗、俺答汗这些所谓雄主，都没有三代强盛。蒙古的分封制度，必然导致内讧纷争，达廷汗统一诸部，建立六万户，把子孙们分封各部当首领，结果他孙子继承他汗位后，俺答汗父子都不服他。
如今
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