纵观这个赛季，拜仁还是表现得可圈可点的，他们几乎就是为了创造记录而来。
这个赛季他们在联赛中提前六轮获得德甲冠军，创造了德甲五十年历史中最快的夺冠纪录，德国杯半决赛六比一横扫狼堡队史第十九次杀入德国杯的决赛，比赛中戈麦斯六分钟完成帽子戏法让他与荷兰足坛名宿巴斯滕比肩。
2012-13赛季欧洲冠军联赛半决赛首回合拜仁慕尼黑主场较四比零大胜巴塞罗那。次回合拜仁客场挑战巴萨，罗本和穆勒建功，加上皮克的乌龙球，拜仁三比零客场再胜，总比分七比零晋级决赛。拜仁第十次参加决赛，拜仁若能第五度封王将超越巴萨和阿贾克斯、齐平利物浦成为夺冠第三多的俱乐部，落败则变作亚军第一大户，拜仁、尤文、本菲卡都是五次亚军。
2013年5月25日欧洲冠军联赛决赛凭借罗本与曼朱基齐的进球拜仁慕尼黑队二比一战胜德甲劲旅多特蒙德队第五次称霸欧洲，如愿以偿。
2013年6月1日德国杯决赛拜仁慕尼黑在柏林奥利匹亚球场三比二战胜了斯图加特获得德国杯冠军，这样拜仁慕尼黑就成为欧洲第七支获得三冠王荣誉的球队，同时也是德国第一支获得此荣誉的球队。
2013年6月27日拜仁慕尼黑官方宣布与队中首发中场球员里贝里成功续约四年，这样法国老将依然将身披拜仁战袍迎接新帅瓜迪奥拉成为拜仁继续创造辉煌的有力保障。
2013年8月30日拜仁慕尼黑在布拉格伊甸园球场举行的欧洲超级杯比赛中，两度落后的情况下两度扳平，并在最后点球大战中以五比四击败欧洲联赛冠军拉齐奥队，首次夺得欧洲超级杯冠军。
2013年12月21日世界俱乐部杯决赛，欧洲冠军杯冠军拜仁慕尼黑二比零战胜东道主球队拉贾·卡萨布兰卡，获得冠军，同时也以年度五冠王的辉煌战绩完美收官。
2014年3月12日2013-14赛季欧冠1/8决赛次回合拜仁慕尼黑主场一比一阿森纳，拜仁总比分三比一淘汰枪手。这是欧冠改制后，德甲巨人第十三次晋级欧冠八强，枪手则连续四个赛季止步十六强赛。第五十五分钟施魏因斯泰格先拔头筹，第五十七分钟波多尔斯基劲射得分，伤停补时阶段罗本赢得点球，穆勒罚失。
不过在014年3月25日因逃税案被判入狱三年半的拜仁主席赫内斯辞掉拜仁慕尼黑俱乐部所有职务。
2014年3月26日拜仁慕尼黑在客场以三比一轻取柏林赫塔队，在联赛还剩
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