20世纪80年代是拜仁慕尼黑的动荡时期，球队经历了许多人员变化以及财政问题。保罗·布莱特纳和卡尔·海因茨·鲁梅尼格成为了球队的灵魂，他们带领球队在1979-80赛季以及1980-81赛季的联赛中捧起了冠军奖盘，拜仁在那一时期也被称为布莱特尼格队。
在此后的两个赛季拜仁仅仅获得了1982年的德国杯，1983年乌多·拉特克再次执教球队，布莱特纳同期宣布退役，1984年拜仁再获德国杯冠军，并且在六年中五次夺得各项赛事锦标，包括了1985-86赛季的联赛和德国杯的双冠王，但在这10年中拜仁在欧洲赛场上并没有太多优异表现，只是在1982年和1987年获得了欧洲冠军杯的亚军。
1987年尤普·海因克斯成为了拜仁的主教练，在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑，在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁仅仅排名第十，领先降级区五分，1993-94赛季后半段当时的主席贝肯鲍尔亲自出马，接过了拜仁的帅鞭，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。
在此之后，继任的乔瓦尼·特拉帕托尼和奥托·雷哈格尔并没有像俱乐部所期待的那样，只是分别在拜仁度过了一个碌碌无为的赛季。由于当时拜仁球员通常登上八卦新闻版面而非体育新闻，拜仁被戏称为绿茵好莱坞。在1995-96赛季接近结束时，贝肯鲍尔作为代理教练暂时掌管了拜仁，球队随后夺得了1995-96赛季欧洲联盟杯，决赛中他们击败了波尔多。1996-97赛季特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘，但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升级马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也再次离开了俱乐部。
在1998-2004年间拜仁由奥特马·希斯菲尔德执教，在他执教的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在全场领先的情况下被曼联伤停补时阶段的两粒进球所击败，在1999-00赛季拜仁获得了历史上第三个联赛和德国杯赛双冠王。
2000-01赛季拜仁直到联赛的最后一轮才确定取得连续第三个德甲冠军，当时在联赛最后一轮，在比赛进行到九十分钟却被对手汉堡足球俱乐部射手谢尔盖·巴巴雷茨攻破球门，使得冠军就要旁落的不利情况下，凭借帕特里克·安德森在补时阶段最后时刻的禁区内间接任意球逼平汉堡队，
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