蔡元培与宋庆龄、杨杏佛、林语堂等发起“中国民权保障同盟”，并在上海的《申报》上联名发表《中国民权保障同盟宣言》，在宣言中抨击蒋介石的政权践踏民主、蹂躏人权。
宣言中愤慨地说：“抑制舆论与非法逮捕、杀戮之记载，几为报章所习见，甚至青年男女有时加以政治犯之嫌疑，遂不免秘密军法审判之处分。虽公开审判，向社会公意自求民权辩护之最低限度之人权，亦被剥夺。”
12月30日，蔡元培在上海华安大厦主持召开记者招待会，宣告“中国民权保障同盟”正式成立，由宋庆龄任主席，蔡元培任副主席，杨杏佛任总干事，林语堂任宣传主任。
蔡元培在记者会上说：“我等第一、无党派的成见，……第二、我等无国家的界限……第三、我等对于已定罪或未定罪的人，亦无甚区别。未定罪的人，其人权不应受人蹂躏，是当然的事，已定罪的人，若是冤的，亦救济的必要。至于已定罪的并不冤的人……对于当其罪之罚，不能不认为当然，而不应该再于当然之罚以上再有所加。……希望诸君对于普遍人权保障，能超越国家党派的关系……”
1933年2月，蔡元培在上海的一个青年会活动上，做了以《保障民权之过去与现在》为题目的演讲。
他引述《论语》《孟子》《左传》《国语》等中国传统经典中的观点和典故，说明要想国家统一兴盛，掌权者必须保障民权，允许人民议论国是，乃至于违抗当权者的错误施政。蔡元培引用周厉王禁“腹诽”、秦始皇“焚书坑儒”、汉代“党锢之祸”导致灭亡的历史，告诫南京的国民党当局引以为戒。
“在这国难时期，我们欲图抵抗，这也没有，那也没有，其所以没有的最大原因，就是人才缺乏。培植人才，不是容易的事，原有的就嫌不够，还要求他多起来，哪能再去随便捕杀、随便摧残呢？”
蔡元培并不仅仅是站在道义和人权的立场上，而是从一个思想家的思维来考量。在他看来，只有给人民以自由和权利，他们才会更加自觉的保家守土，为国奉献。反之，收紧人民的自由，不敢让人民有权利当家做主，这样的作法则是短视和愚蠢的，这将使人民对国家的义务感大大削弱，从而从根本上削弱建设国家和保卫国家的动能，与“救亡图存”的旨趣完全违背。
当他游历西方列强时，他感到，正是这些先进国家对民权的重视，使得这些国家的民众对自己的国家和民族有更强烈的责任感、义务感。换而言之，蔡元培始终是一个民族主义者，为了国家
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