五四运动的所有目的全部达到，大获全胜。
此时，正赶上蔡元培的胃病复发，确实不能马上北上。他曾电请北大温宗禹教授继续代行校长职务，但遭到北大师生的拒绝。这样一来，正在江苏教育会任干事长并主编《新教育》杂志的蒋梦麟，便以蔡校长私人代表身份进入北大代理校政。
此后，尽管安福系的政客们曾借机尝试由蒋智由取代蔡元培，但立马遭致北大师生坚决抵制而未能得逞。
经历了此番学.潮，学生还能安下心读书吗？蔡元培的一些朋友也为他耽着这份心，说学生们此后一定会“遇事生风，不复用功了”。
对此，蔡元培有着同样的担心，或许，他比他的朋友们要乐观一些，但也认为必须要“善加引导”。
他于返京之前与学生代表谈话或公开致书全国的学生，都表达了这样的观点：此次运动，学生唤醒国民，作用重大，“然牺牲学业，代价不轻”，青年救国，不可单凭热情，主要应靠学识才力，学生主要的责任还是“力学报国”。
由此，他提出了一个著名的口号：“读书不忘救国，救国不忘读书。”
他十分赞赏北京学界提出的关于恢复“五四”以前教育现状的主张，其中显然含有重建学校秩序，继续全力进行学术文化建设的用意。
蔡元培在家乡小休之后，于9月中旬抵京，其时恰逢北大新学年开学。
虽说过了一个暑假，学生的激情差不多可以平静下来了，但五四运动却不一样，对于这样一场规模宏大、席卷全国的运动，学生是以完胜者的姿态回到校园的，运动的余热尚未消退，趾高气扬的心态也在所难免。如何让学生收心，把学生的心思收到学问上来，这是蔡元培返校后首先要考虑的问题。
在9月20日的开学典礼上，蔡元培高度赞扬学生的“爱国热诚”，赞扬学生在运动中表现出来的“自治的能力”和“自动的精神”，但他的重点则在强调“大学是研究学理的机关”，并围绕这个重点大谈“研究的兴趣”“纯碎学理的文理科”“服务社会的习惯”等问题。这番话在平日或许是老生常谈，但在斯时斯地，却有一层特别的含义，有鲜明的针对性。