蔡元培对五四运动的认识，应该也有个深化的过程。
比如，后来他在比较五四运动前后学生的变化，就曾有过以下的高度评价：
“五四运动以来，全国学生界空气为之一变。许多新现象、新觉悟，都于五四以后发生，其中最重要者，约有四端。”
一是“自己尊重自己。从前的社会看不起学生，自有此运动，社会便重视学生了。学生亦顿然了解自己的责任，知道自己在人类社会占何种位置，因而觉得自身应该尊重，于现在及将来应如何打算”。
二是“化孤独为共同”。五四运动后，学生“自己与社会发生了交涉，同学彼此间也常须互助，知道单是自己好，单是自己有学问有思想不行……于是同志之连络，平民之讲演，社会各方面之诱掖指导，均为最切要的事，化孤独的生活为共同的生活”。
三是“对自己学问能力的切实了解。五四以后，自己经过了种种困难，于组织上、协同上、应付上，以自己的学问和能力向新旧社会做了一番试验，顿然觉悟到自己学问不够，能力有限。于是一改从前滞钝昏沉的习惯，变为随时留心、遇事注意的习惯了”。
四是“有计划的运动。从前的学生，大半是没有主义的，也没有什么运动。五四以后，又经过各种失败，乃知集合多数人做事，是很不容易的，如何才可以不至失败，如何才可以得到各方面的同情，如何组织，如何计划，均非事先筹度不行”。
蔡元培也特别强调五四运动对学生追求学业、完善人格的促进作用：“前年‘山东问题’发生，学生关心国家，代表社会，又活动起来。国人对于学生举动很注重，对学生议论也很信仰，所以有好机会，为社会作事。不过五四以后，学生屡屡吃亏。中间经过痛苦太多。功课耽误，精神挫伤，几乎完全失败。因为学生发生两种觉悟出来：第一，受此番经验，自知学问究竟不足，于是运动出首的学生，或到外国求学，未出国的，也都格外专心用功了。第二，经此番风潮，社会对于学生，都加一番重视。学生自身，也知人格可贵，就大家不肯作贬损人格的事情。”
1922年为纪念“五四”，《晨报》再辟“第四个五四”专栏，蔡元培应约发表《五四运动最重要的纪念》，他结合时事，强调“五四运动最重要的纪念”是“（一）广集赎回胶济路的股款。（二）自动的用功。（三）扩充平民教育”。他表示，学生在五四运动中得到锻炼，同时在运动后产生新的觉悟，“我常常对人说，五四运动以后，学生有两种觉悟
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