思想自由，兼容并包”十六字的办学方针指导下，北大的思想和学术呈现出缤纷万象、百家齐鸣的景象。
北大设立研究所，组织学术团体，出版学术刊物，促进中西学术交流，为师生提供从事高深研究的机会。
各类学术团体如雨后春笋般涌现：例如，陈独秀、李大钊发起组织的“社.会.主义研究会”，1921年改名为“马.克.思学说研究会”；胡适、马叙伦等组织的“哲学研究会”；梁漱溟组织的“行知社”；徐志摩组织的“阅书报社”；其他还有“教育研究会”“成美学会”“进德学会”“雄辩讲演会”……
在北大校园里的刊物，有校方编办的，如《北京大学日刊》《北京大学月刊》《国学季刊》《社会科学季刊》；有教授私人筹办的，如《新青年》《每周评论》《努力周刊》《读书杂志》《语丝周刊》《现代评论》《猛进》；也有学生自办的，如《新潮》月刊。其中以陈独秀创办的《新青年》、胡适主编的《每周评论》最为有名。
“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”十六字的办学方针，则鼓励师生学术争鸣，培养学生的思辨力，开创学术自由的风气，促进新思潮的传播。
这时的北大创办才仅仅20多年，得益于蔡元培的“十六字办学方针”，北大已迅速跻身于当时世界一流的大学。
到20世纪20年代中期，北京大学在学术研究上取得了令人骄羡的成绩。例如物理专业，由于一批从海外学成归来的教授们的殚精竭虑，北大预科的物理水平已与美国哈佛大学一年级水平相当，北大物理专业的本科毕业生水平也处在美国学士与硕士之间。