完成迎袁专使的使命后，蔡元培回到南京，回到了他热爱的教育事业的任上。
南京政.府建立后，所有与新政.府有关的人纷纷跑来，找关系托人情，想谋个一官半职。蔡元培北上迎袁期间，教育部的次长景耀月代理部务。景耀月是同盟会员，平日里热衷党务，对教育很少过问。
此人有封建的打江山坐江山的思想。所谓有权不用过期作废，趁总长不在，他私自开列了七十多个人的名单，分别冠以司长、科长、秘书的职务，报请总统府颁发委任状。名单上的人多和他有私交，但是跟教育行当没什么关系。
蔡元培回来后，马上发现了这一情况。他耐心地同景耀月讲，这样做的话，真正的教育专家就被排斥在教育部外了。而且如果下一任部长对这些人事不满意，一概革除，反而让这些人难堪。蔡元培入情入理地做了一番工作之后，总统府又将这批委任申请退还了教育部。
1912年3月底，唐绍仪内阁成立，蔡元培留任教育总长。
民国定都北京后，1912年4月26日，蔡元培领衔的新的教育部接手原清廷的学部。蔡元培给部员们讲了一番话：“前清办学之种种靡费，其细情不外奢、纵二字……国家无论如何支绌，教育费万难减少。无已，惟有力行节俭，以为全国倡。”
在人事安排上，蔡元培力邀非同盟会派系的共和党人、曾在清末担任学部参事的教育家范源濂做了教育部的次长。
他两次登门，诚恳地对范源濂说：“现在是国家教育创制的开始，要撇开个人的偏见，党派的立场，给教育立一个统一的智慧的百年大计……教育是应当立在政潮外边的。我请出一位异党的次长，在国民党里边并不是没有反对的意见；但是我为了公忠体国，使教育部有全国代表性，是不管这种反对意见的。听说你们党里也有其他看法，劝告你不要自低身份，给异党、给老蔡撑腰；可是，这不是为国民党或我个人撑腰，乃是为国家撑腰。我之敢于向你提出这个请求，是相信您会看重国家的利益超过了党派的利益和个人的得失以上的。”
范源濂为蔡元培的真诚和以民国教育为重的精神所动，不顾他所在的共和党的反对，接受了蔡元培的邀请。事实证明，他们的合作是成功的。后来，范源濂在蔡元培去职后任教育部长，力邀蔡元培担任北大的校长。
新建的教育部有部员七十余人，差不多都是蔡元培、范源濂二人推荐。蔡推荐的多为欧美及日本的留学生，范提名者，大多富有教育管理经验。
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