通教育、塑造健全的国民为宗旨，并专门为女子设立女子中学校。
高等教育一级，大学以“教授高深学术，养成硕学宏材、应国家需要”为宗旨。大学分文、理、法、商、医、工、农七科。大学本科3—4年，预科3年，预科附设于大学，不得独立设置。大学为研究学术设大学院，不定年限。
《壬子癸丑学制》在横向方面，分为师范教育、实业教育两个系统。
与高等小学校平行的有乙种实业学校、实业初习学校及初习科。与中学校平行的有甲种实业学校、师范学校及补习科。与大学平行的有法政、医学、药学、农业、工业、商业、商船、美术、音乐、外国语等专门学校以及高等师范学校。
该学制为参照日本明治维新后新学制拟定，废除了教育上的两性差别和满清贵胄学堂。除高师外，允许开办私立学校。
尊孔读经，千百年来成为一种神圣和至高无上的东西，与封建专制制度扭结在一起，成为中国迈入近代门槛的惰性因素。经受了欧美现代文明洗礼的蔡元培，认为“尊孔与信仰自由相违背，虽然孔子和他的学说在学术上自有其价值，但后世将此演化成为儒教、孔教，定为一至尊，叫人顶礼膜拜，则极不合理。宗教信仰自由是人的三大自由之一，学校不是教堂，不能强行要求人信奉哪种宗教。
在全国教育临时会议上，蔡元培提出的《学校不应拜孔子案》。虽然受限于当时的大环境，蔡元培提出的《学校不应拜孔子案》没有在会议上通过。但毕竟明文废止了在中小学一直实行的“尊孔读经”仪式，这不能不是这次会议的又一个成果。
孔孟之道的“克己”，以所谓的“义”否定“利”的义利观，和宣扬禁欲主义的佛教，和奉行蒙西九戒基督教一样，归根结底是属于维护封建专制统治的思想体系。三者在历史上，在推翻奴隶制度过程中，都曾经起到革命作用，但伴随着新时代的来临，从总体思想上毕竟成为过时的东西。新的时代讲求等价交换，注重实利讲求现实利益，也就是思想家们常说的，人们要从彼岸世界回到现实世界来，要从那些蒙蔽人们的关于未来世界的幻想中，回到现实世界。一个越是不能保障人们的利益的社会，就是越起劲的忽悠和教化人们忘掉自己、无视自己的利益。比如不合理的封建等级制度，比如上个世纪六十年代极左主义喊出的“狠斗私字一闪念”。
毫无疑问，蔡元培对尊孔读经的抵制，是顺应历史潮流的。
此次会议的多数提案形成教育政策,并且在教育实
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