了过年时，蔡元培发现编辑所里的账上一分钱都没剩，只好向人借了一串珠子让同事拿到典当铺子去抵押换钱。结果，典当铺的老板说珠子是假的，只能当一元钱，让他大失所望。这样一来，大家也就只好不过年了。
但最让蔡元培着急的还是报纸的销路和影响力。为多卖报纸，他让一位工人老乡背着一面旗子，上面写着爱国标语，或画上爱国漫画，然后手里敲着一面小锣，带着报纸到街上叫卖。这种新奇的促销手段倒也有效，每天居然比平日能多卖出一二百份报纸。蔡元培非常高兴，用他家乡的绍兴话直夸这位工人：“真弗错气”(真不简单的意思)。
1903年夏，清政.府逮捕章太炎和邹容，查封《苏报》，制造了轰动一时的“《苏报》案”。
《苏报》聘请章太炎、蔡元培为撰稿人，报道各地学生的爱国运动。以后，《苏报》又陆续刊登了许多激烈地宣传革命的文章，旗帜更为鲜明。当时，邹容的《革命军》在上海出版，章太炎的《驳康有为论革命书》也公开发表。章太炎在《驳康有为论革命书》中，尖锐地批判了康有为的中国只能改良，不能革命的谬论，并把矛头直接指向清王朝光绪皇帝。这两篇极其犀利的革命文章问世之后，立即产生了很大的影响。《苏报》节录了《驳康有为论革命书》中，痛骂清朝统治者和揭露康有为改良主义奴颜婢膝的一段文字发表，并发表文章，介绍《革命军》的内容，向读者推荐《革命军》。
这些激烈的革命宣传和它所产生的影响，使清政.府感到极大的恐慌和震怒，清政.府采取镇压手段，下令封闭《苏报》，逮捕章太炎、邹容等人。
由于《苏报》社设在租界内，清政府便请求帝国主义帮助镇压。1903年6月29日，清政府勾结上海公共租界工部局，查封了《苏报》，逮捕了章太炎。邹容激于义愤，自动投案。章太炎、邹容在会审的时候慷慨陈词，坚持斗争，使《苏报》案成为当时轰动国内外的政治事件。最后，租界法庭判决章太炎3年徒刑，邹容2年徒刑，并禁止中国人在租界内办报纸宣传革命和出版革命书籍。
章太炎、邹容在监狱中，仍然坚持斗争。章太炎在狱中写了《答新闻报记者问》，在这篇文章中满怀信心地说：“四万万人民都会同情我们，而公理一定会战胜的”。他在狱中还参与组织江浙革命组织“光复会”的筹划工作。邹容在监狱生活的折磨下，不幸病故，年仅21岁。1906年章太炎刑满出狱。
蔡元培不顾个人安危，每月都到监狱去探望邹容
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