学生起步不同的现状，这在今天的眼光看来，也是极为合理的。
四是进行极为严格的管理。
中西学堂的学生每天早晨5点起床、盥洗，6点吃早饭；上午7点外语及算学各班上课，12点吃午饭；下午2点起，国学(读书、温书、讲书)各班上课，6点体操，7点晚饭；8点余课，9点就寝。
有制度还要有监管执行的人，蔡元培聘请人品诚笃的胡钟生为监学，在学堂大门左傍辟一房间，监视学生出入，另每一斋派一国学教员督导学生攻读。这可真是得了中国私塾严格管教风格的真传。
最有意义的一件事，就是增设课程。
在蔡元培执掌校务期间，中西学堂的课目已经大致包含了中国深浅层次不同的国学，以及外文、数学、物理学、化学、动植物学和体操等与世界现代教育接轨的科目。从课程所涵盖的知识面上来看，已经完全突破了传统中式经典教育的内容。
这充分体现了蔡元培的教学理念：——传播广博、先进的文化新知。
曾任国民政府第一任教育部长、行政院秘书长，也是北京大学历史上任职时间最长的校长的蒋梦麟，在回忆自己在中西学堂，学到的新知识对他产生的震撼时写道：
“我在中西学堂里首先学到的一件不可思议的事是地圆学说。我一向认为地球是平的。后来先生又告诉我，闪电是阴电和阳电撞击的结果，并不是电神的镜子里发出来的闪光；雷的成因也相同，并非雷神击鼓所生。这简直使我目瞪口呆。
“从基本物理学我又学到雨是怎样形成的。巨龙在云端张口喷水成雨的观念只好放弃了。了解燃烧的原理以后，我更放弃了火神的观念。过去为我们所崇拜的神佛，像是烈日照射下的雪人，一个接着一个融化。这是我了解一点科学的开端，也是我思想中怪力乱神思想的结束。“
可见当时的中国，科学知识方面的落后，也足以证明，蔡元培正在进行着的事业是何等的伟大。
鉴于当时学堂教术不一，课本不定。蔡元培模仿外国学堂评议之例，于1899年11月发起组织绍兴府学堂学友会，集合有志之士，推动绍兴地区的教育改革。
学友会相约，凡“已通国文溥通学，而究心教术，不沾沾于利禄者”，均引为同志。
规定学友权责为：
一、对学堂办事授业章程“有欢成纠正之责”；
二、学友有志学习算学及外国语者，可住学堂，并可不付膳金，但须为学堂编写教
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