双方军队各守原防，一切问题留待和会处理。但是段祺瑞却要了一个花样，提出所谓南北两军占领区应当维持战争发生前的状态，这就是说，陕、闽、鄂西南三个地区内的南军都是在战争时期发展起来的，这些地区都应当退还北方。他又进一步提出所谓剿匪问题，诬蔑陕、闽、鄂三省南军为土匪，剿匪不是打南军，剿匪区域不应当划在停战区域内。
由于北方提出剿匪问题，南北双方于是又展开了“匪”与非“匪”的笔战。北方把郭坚、樊钟秀、卢占魁等都说成是土匪。南方质问说，难道于右任也算是土匪吗？北方承认于右任不是土匪，劝他快快离开匪巢。南方又质问说：“难道陈树藩所收编的王飞虎、白翎子、徐志毛等都不是土匪吗？”
南方议和代表到上海后，提出条件，要求全面停战包括陕西在内。
李纯提出五项建议：
（一）停战区域包括陕、闽、鄂三省。
（二）北方援陕、援闽军队均停止前进。
（三）双方议和总代表共同派员到陕西监视停战。
（四）陕、闽、鄂三省由双方将领划定停战区。
（五）双方在划定区域内剿匪卫民。
除了陕西停战问题外，还有一个是参战军问题。
第一次世界大战已经结束，参战问题已不存在。可是段系的人已把参战督办改为边防督办，参战军改为边防军；同时把参战借款用来编组边防军。
边防军成立了四个师，由傅良佐、曲同丰、陈文运、马良为师长。这明显是在扩充兵力，继续实行武力统一。
西南方面在和谈前即提出撤消参战督办，停止参战借款，废止中日军事协定，解散参战军等问题。
不过西南方面也知道，如果要北方履行这些条件，徐世昌是无能为力的，这样一来等于堵死和谈的路。所以，南方未把参战军问题当作先决条件，而作为议题交付和会讨论，从而表明南方是带着诚意而来。
中国派遣代表出席巴黎和会的人选问题也是南北双方争端之一。北京政.府指定以陆徵祥为代表团团长，顾维钧、王正廷、施肇基、魏宸组为代表。这个代表团名单中只有王正廷一人是西南方面的，西南方面曾要求加派伍朝枢和王宠惠二人为代表。
前面曾提到北方议和总代表人选问题。
本来徐世昌主张由李纯担任，皖系全力反对，梁士诒也被安福系反对。
段想要王揖唐担任，王是安福系首领，西南护法就是反对
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