总司令部。十一月十四日他率沪淞军从上海奔赴南京，迅速攻占南京外围乌龙、莫府两山，为攻取南京创造了有利条件。
南京攻克后，他被推举为江南第一镇统制，留守湖北，任江南留鄂第一师师长，授陆军中将、二等文虎章、二等嘉禾章。
一九一五被任命为襄郧镇守使、陆军第十一师师长。次年改任陆军第九师师长兼襄（阳）、郧（西）镇守使。
这是一位从农民到将军的爱国将领。
王占元虽然不对自主军进攻，但是湖北西部还有另一支属于皖系的军队，那就是由四川败退到宜昌的吴光新军。
吴光新在四川打了败仗，很想收复荆、襄，立功赎罪。他的力量虽不强大，可是荆、襄两地自主军在地形上互相隔离，并且各自为政，互不配合，便于敌方各个击破。
王占元自己不愿进攻自主军，也不愿假手别人，尤其是吴光新。他深知，倘若吴光新剿平了自主军，对他是有更大的威胁。
只是他不能公开反对吴光新对自主军的进兵，处境也更为尴尬。
河南汝州的自主更增加了问题的复杂性，河南督军赵倜虽名列主战派，可是他不是北洋派的正统，汝州在河南西南部，与湖北西北部襄樊毗连，如果两个地区的自主军合流，对赵倜也是一种威胁。
荆、襄自主也使桂系很伤脑筋，尤其是援湘的联帅谭浩明。因为湘西的民军纷纷要求开往鄂西，和自主军联成一片，谭浩明没有理由予以拒绝。
可是湘西民军开往鄂西，便是对王占元的一种敌对行动，王占元是北洋派中的主和派，因此他又不能不竭力加以阻止。
他于是致电北京政.府说：“如果北军攻荆、襄，则南军也会进攻岳州。”
这时，北军第三师已经开到广水，准备进攻湖南。
由于北方主战派和主和派正展开了激烈的斗争，曹锟也有所顾虑，想把军队在湖北停留观望一下，再作行止。
直、皖两系是为了湖南战争问题而公开分裂的,湖南局势如何呢？
自北军退出长沙后，湘军第一师师长赵恒惕便进入长沙。他抵长沙后，就接到湘军总司令程潜的电报，令他扫径以待联帅。这所谓的联帅，便是湘粤桂联军总司令谭浩明。
接着程潜抵达了长沙，于民国六年十一月二十四日接任湖南省长。
可是谭浩明也有电报叫他：“勿得擅有建立，致涉纷歧。”
十二月八日，程潜自行解除湖南省长兼职。
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