世凯表示要把徐树铮调职，段祺瑞觉得这简直是成心在找他的麻烦，因此沉不住气大声地说：“很好，请总统先免我的职，总统要怎么办，便怎么办！”
民国四年五月，正当日本提出廿一条的时候，陆军部上了一道请求增加职员薪金的呈文，袁亲笔批下：“稍有人心，当不出此！”八个大字。
由于段祺瑞不到部办公，自然对陆军部公事也不看，有次袁问段祺瑞某件公事，段祺瑞说不知道。
袁世凯马上正颜厉色地质问段祺瑞： “怎么，刚刚我看到陆军部送来的公文，你是总长却不知道？”
廿一条签署后，袁克定公开向人表示：所以要向日屈服，只是因为中国不能抗日；为何不能抗日？因为陆军不能作战，陆军部务无人负责，因此政.府不能孤注一掷，冒险去抗日。
段祺瑞是个何等聪明之人，当然更知道进退，于是向袁世凯呈请辞职，并且不俟批准便赴西山养疴。
袁世凯当时有意拉扰蔡锷，准备让入京不久的蔡锷接任陆军总长；后来觉得这样重要的位置不能旁落，最后还是决定留给自己的北洋的嫡系，于是陆军总长一职便落在王士珍身上。
段祺瑞的请辞，当然是被迫的，但是他有病也是真的，所以他请辞后即赴西山养疴。而袁世凯则一再假意挽留，只准段祺瑞请假，一再给予延期，同时派王士珍代理。
北洋“三杰”中，王士珍与段祺瑞感情尤深，因为不肯卖友，他一再坚持不肯正式就任陆军总长。