一直到民国四年五月三十一日，袁世凯才明确王士珍代理陆军总长，并发表明令给段祺瑞。放其病假两月，支人参四两，医药费五千元。
命令如下：
“前据陆军总长段祺瑞呈称：自去冬患病，饮食顿减，夜不成寐，迄至今春，遂致咯血，多方诊治，时轻时重。医言血亏气郁，脾弱肺热，亟当静养，服药方能有效，迄今四月有余，方值国家多故，未敢言病。
“现大局稍就平定，拟请开去差缺，俾得安心调理，冀获速痊等情。当传谕少给假期调养。兹据续请开去各项差缺，俾得安心调养，庶获就痊。
“查自辛亥改革以来，该总长勋劳卓着，艰险备尝。民国初建，忧患迭乘，数年经营，多资臂助，因而积勤致血衰气弱，形容羸削，迭于会议之时面谕该总长酌于一星期抽两三日赴西山等处清静地方调养休息，以期气体复强，而该总长以国事为重，仍不肯稍就暇逸，尽瘁国事，殊堪嘉敬。
“兹据呈请开缺，情词肫挚，本大总统为国家爱惜人才，未便听其过劳，致增病势，特着给假两个月，并颁给人参四两，医药费五千元，以资摄卫。该总长务以时局多艰为念，善自珍重，并慎延名医，详察病源，多方施治，切望早日就痊，立即销假。其在假期内如有军务重要事件，仍着随时入内会议，以抒嘉谟而裨国计。此令！”
段祺瑞正式解除陆军总长职务是这年的八月二十九日，与这命令同时公布的，是正式由王士珍接任陆军总长的职务。
段祺瑞离职后不久，袁世凯便指使肃政厅弹劾徐树铮**外军火浮报四十万元，免去他陆军次长职，以田中玉继任。
袁世凯与段段祺瑞之间，由于段的病假，袁的明令给假种种而惹起许多流言。争传二人已正式决裂，而很多迹象也表明此非无穴来风，两个人之间的问题早已摆在了明处。袁世凯越做作，越启人疑窦。北洋将领之间未尝没有矛盾纠葛，但兔死狐悲，尤其是徐树铮的被处罚，段祺瑞派系中人更是人人自危。
此地无银，八月三日段祺瑞发表通电辟谣：
“廿年前大总统在小站练兵时，祺瑞以一武备学生充下级武秩，与大总统素无关系，乃承采及虚声，立委为炮队统带，升任统制，不数年由千总微秩，擢道员、总兵、副都统各职。及大总统东山再起，祺瑞复见任湖广总督、六军总长各职，以大总统知祺瑞之深，信祺瑞之坚，遇祺瑞之厚，殆无可加。
“是以感恩知己，数十年如一目，分虽部下，情逾骨肉。近数年
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