二十五日，蔡元培一行到达北京。袁世凯用极高的礼节，打开正阳门，举行隆重欢迎仪式。下午，蔡元培一见袁世凯，就递交出孙.中.山请其就职的手书及参议院的选其为临时大总统的选举状。恳请其尽速南下就职。
当晚，袁世凯委派外务部首领胡惟德举行盛大宴会招待。
二十七日，袁世凯邀请蔡元培一行人举行坐谈会，在谈到去南京就职一事时，他表示，现在他正在处理手头上的一些事，等这些事有了眉目后，他将尽快去南京。态度很好，不在坚持不离开北京了。
蔡元陪等人对袁世凯的态度，很满意，也给予了称赞和肯定。
事情已经到了这一步，袁世凯不能再坚称不离开北京了。中.山先生说了，袁世凯一天不到南京就职，他就一天不交出中华民国临时大总统的职务。任命袁世凯为总统大参议院也在南京，如果参议院因袁世凯迟迟不去南京就职，做出新的任命，不是很麻烦吗？人家这么多人，兴师动众的来接你，你有再多的理由，也不能一口回绝呀！
按照北京行政当局的安排，为庆祝结束帝制，中华民国的诞生，也为了欢迎迎接使团，北京要连续三天举行庆祝活动，晚上还要提灯游行。
但是，就在庆祝活动进行的第二天，北京响起了枪炮声。
开始，人们误以为是庆祝礼炮，但很快发现是兵变。
一九一二年二月二十九日（阴历正月十二日）晚六时，第三镇兵一部炮、淄两营因扣饷事溃变。变乱先由驻扎朝阳门（也叫齐化门）的第九标之炮队引起，随后驻于禄米仓的辎重队、帅府原煤炸胡同东城土地庙驻军纷纷与之呼应，起兵作乱。
炮队先在朝阳门外为乱，而后炮击强行进入朝阳门，辎重队在城内与之配合，打开城门，两队汇合后向西行进，一路毁坏民居，劫掠无数。
当晚亥时初（21：00多）乱军至专使团居处，直言只索要财物，蔡元培等立即避去，衣物行李尽 。下半夜西城、北城也发生骚乱，土匪和部分巡警加入抢劫。
当晚兵变的结果是商民遭抢劫者四千余家，京奉、京汉铁路局，大.清、交通、直隶三银行以及制币厂亦遭劫掠，损失白银九百多万两。专使住所被洗劫一空。蔡元培等人避入东交民巷内的六国饭店，仅以身免。
这场兵变，发生的时间节点太过蹊跷，很容易使人想到是有人刻意组织、安排，目的就是阻止袁世凯离开北京。因为兵变的士兵高喊的口号就是“宫保走了，没人管我们了”。
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