皇也是快60的老人了，身体自然不比甲午时期的壮年；二则是远东战争结束之后，明治天皇心忧国事，心情自然不会好，心情不好，身体当然就差。于是明治天皇立刻起身穿衣，因为再睡也睡不着了，而在更衣的同时，明治天皇又下令命内阁调动军队，镇压东京的暴乱事件。
但命令发下了，明治天皇这才想起来，山本权兵卫己经辞职了，内阁也被解散了，新的首相、内阁还没有成立，正好赶到这个时间点上，那这命令下给谁去。
这一下明治天皇也犯了难，现在暴乱的消息却还在不断的传来，现在暴乱队伍的规模也越来越大，除了攻击官员、财阀之外，还有相当一部份攻击商铺、银行等机构，如果就这样放任下去，还不知会造成什么后果，而且现在明治天皇身边也没个人商量一下，明治天皇心里这个郁闷。
一直到凌晨5点多钟的时候，根据报告，这时暴乱队伍的规模己扩大到了数万人，恶行己遍及大半个东京地区，有不少地方都发生了火灾，甚致有的暴乱队伍在攻击外国使馆。明治天皇也知道不能再犹豫下去了，否则后果就难以收拾了，只得亲自下令给东京守备司令部，命令他们出动军队，镇压东京的暴乱行为，同时又下令给陆军参谋部和海军军令部，命令他们立刻调集各自的军队，准备支援东京守备司令部的军队。
但东京守备司令部从来没有收到过天皇的御令，因此接到命令之后还不敢相信，又派人到皇宫去确认，等到确认了这御令是真的，才招集军队，布置各部队的防区等事宜，结果等到军队出动以后，己快到清晨7点。
不过天亮也有天亮的好处，就是什么都看得清楚，也方便军队进行镇压。虽然这时暴乱的人数己达10余万，但毕竟和军队没法比，而到了第2天，陆军、海军的队伍也都开进东京，使参与镇压暴乱的日本军队己达7万余人。但就是如此，还是足足用了3天时间，才算是将这次暴乱行动平息下去，东京才基本恢复了平静。
而经过查点之后，在这次暴乱中，共计有6673人死亡，10964人受伤，812间房间被烧毁，1000余家商铺，20余家银行被抢劫，初步估算经济损失高达数百万日元。当然经济损失还算是其次的，最严重的损失还是人，共计有伊藤博文、小村寿太郎、大畏重信、井上馨等4位重臣死于暴乱，另外还有山县有朋因受伤太重，在3天后不治身亡，同时遇难的还有3名财阀，而寺内政毅、桂太郎、山本权兵卫、高桥是清等官员也都在暴乱中受伤，因此可以说这次日本的损失极为
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