还将台湾割让给日本。但这一决定却遭到了台湾原居民的强烈反对，在清军将领，黑旗军统领刘永福，以及台湾原居民义勇军的领导下，对曰军进行了激烈的抵抗。因为这一场战争发生在甲午年之后的乙末年，因此历称为乙末战争，而日本将这场战争称为台湾讨伐之战。
不过在甲午战争中，无论是朝鲜战场、海战、还是山东战场、辽东战场上，都是威风八面、所向披靡的，打得清军丢盔弃甲、望风败逃的日军，在小小的台湾岛上，面对着只有少量清军，而是以台湾原居民为主，自发性组成的抗日义勇军，却遭到了前所末有的强烈抵抗。
日军于1895年5月29日，登陆澳底（今台北县贡寮乡境内）开始，前后遭遇到在隆恩埔、分水仑、八卦山、斗六、八掌溪、台南、步月楼等地的层层抵抗，最后日本分兵于10月26日在台南登陆，南北夹击，一直11月26日正午，日军全力攻击位于火烧庄（今屏东县长治乡长兴村）的六堆客家军大本营。日军以较为优势的武器及火力击退六堆客家军，并放火烧毁邻近各聚落，至傍晚返回阿猴街，为乙未战争最后一场战役。才算是基本平息台湾义勇军的低抗，基本控制台湾的局面。但一直到现在，台湾原居民依旧抵抗不断。
在这前后近半年的时间里，日本一共出动了近卫师团与第二师团这两大师团，合计约3万7千余人，马匹7千余头，军夫与后勤预备部队近十万余人，共计阵亡一万四千余人，伤者多达二万六千余人，其中包括领军的近卫师团长、陆军中将，皇族北白川宫能久亲王，及第二旅团长山根信成少将。无论是伤亡数量，还是阵亡的大将，都要远远超过甲午战争。（注1）
参加乙末战争的时候，大津佑树大佐还是中尉军衔。原来以为在朝鲜战场、中国战场上轻松的战胜数万正规清军，并且歼灭了强大的北洋舰队，要扫平台湾岛上的小小土著，那还不是手到擒来，征台战役，不过是一次轻松的军事散步而己。
但到了台湾之后，大津佑树才知道自己错得十分厉害，在日军进军的路途中，有大量的密集丛林和纵横交错的河流沟渠，而不知什么时候，就会忽然从里面冲出数量不等的农民，他们的服装颜色杂乱，也没有任的战斗队形，手中拿的武器也是五花八门，即有新式的拉栓步枪，也有老式的燧发枪，还有自制的鸟铳，甚致还有土制的大刀、长矛，以及各种奇形怪状的农具。有时是放几声冷枪，或者是用原始的弓箭，还有梭標或投枪，然后就杀声震开的扑了上来。
而尽管在日军如雨
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