话说曹操受命与皇甫嵩合军大破颍川黄巾军，由骑都尉迁为济南相。济南隶属青州，管辖十多个县。曹操到任时，郡县长吏多依附贵势，贪赃枉法，无所顾忌。曹操之前历任济南相皆置之不问。曹操到任后，仍像当年任洛阳北部尉造五色棒悬于四门一样治理济南，大力整饬，一下奏免十分之八的长吏，济南震动，贪官污吏、淫祀奸宄之徒纷纷逃窜，“政教大行，一郡清平”。以前，城阳景王刘章以有功于汉朝，在济南立祠，青州诸郡转相仿效，济南尤盛，达六百多所祠堂。有的商人竟然拿出二千石，并叫穷人也出钱随他们一样铺张祭祀，奢侈之风日盛。普通百姓攀比不起，坐等穷困，历任郡县长吏没有敢禁止的。曹操任内毁坏全部祠堂，不论官吏、商贾、百姓，禁止任何人进行祠祀，遂除奸邪鬼神之事，杜绝了淫祀之风。
镇压了黄巾起义，十常侍更加肆无忌惮，张让、赵忠差人向镇压黄巾有功的将士索要金帛，不从者奏帝罢职。灵帝又封赵忠为车骑将军，封张让等十三人为列侯，朝政悆坏，民心嗟怨。曹操不愿迎合权贵，恐为家祸，拒绝朝廷任命的东郡太守、议郎等职，称病回归乡里，在城外建造房屋，春夏读书，秋冬狩猎，以自娱乐。
在此期间，冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强谋划废黜汉灵帝，拥立合肥侯为帝。因曹操颇有名气，许攸等找曹操商议，请其参与。曹操拒绝说：“有关废立之事，天下之至不祥也。古人也有权衡成败，虑及轻重进行废立者，伊尹、霍光是也。伊尹怀有忠诚之心，据有宰臣之势，处官司之上，故进退废置，计从事立；霍光受托国之任，籍宗臣之位，内因太后秉政之重，外有群卿同欲之势，昌邑即位日浅，未有贵宠，朝乏谠臣，议出密近，故计行如转圈，事成如催朽。今诸君只看到古人废立容易，看不到当今废立之难处。诸君自度，结众连党，何若七国？合肥之贵，孰若吴楚？而造作非常，欲望必克，不亦危乎！”曹操不但拒绝，而且推心置腹地分析了古人废立成功的原因及当今废黜灵帝拥立合肥侯的难度，严厉指出不可为而为之的危险。王芬等不听劝阻，欲待灵帝北巡河内旧宅时起兵发难。结果，阴谋败露，王芬惧怕自杀。
中平五年（一八八年）八月，汉灵帝为分散外戚大将军何进兵权，在京都洛阳西园招募壮丁设立一支军事组织——“西园八校尉”：上军校尉蹇硕，中军校尉袁绍，下军校尉鲍鸿，典军校尉曹操，助军左校尉赵融，助军右校尉冯芳，左校尉夏牟，右校尉淳于琼。小黄门蹇硕总管各军，直接受命于无上将
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