任前将军为副，各率两万人救援陈仓。董卓向皇甫嵩建议急速进军，皇甫嵩不听董卓的建议说：“陈仓县城防备坚固，凉州叛军无法攻克，我军只要按兵不动，以逸待劳即可取得全胜。”
中平六年（一八九年）二月，凉州叛军围攻陈仓县城达八十余日不克，疲惫而退。皇甫嵩下令追击，董卓劝阻说：“穷寇勿追，归众勿迫。”皇甫嵩则认为说：“叛军是丧失斗志的疲师，而不是归众、穷寇”。随后，皇甫嵩让董卓负责殿后，自己率军追击，连战连胜，斩首万余级，叛军首领王国逃走后不久病死。董卓因此非常忌恨皇甫嵩。
灵帝重病期间，朝廷征董卓为少府，董卓不肯受命，上书推辞：“我下属的湟水中游的义勇以及匈奴士兵都来拦住我的车，苦求我不要抛弃他们，我制止不了他们，只能留下来宽慰他们，如果情况有变我再向朝廷禀报。”朝廷无可奈何，十分担忧，恐其尾大不掉，又下诏拜董卓为并州牧，其下属军队转交给皇甫
嵩。董卓接受任命，但是不肯交出军队，上书辩解说：“我掌兵十年，士兵上下和我关系太好了，都愿意为我卖命，我乞求带这帮士兵去并州，效力边陲”。
皇甫嵩与董卓历来不和，皇甫郦劝说从父皇甫嵩趁机除掉董卓，皇甫嵩不从，只是将董卓不肯交出兵权的事上奏朝廷。于是，灵帝下诏责备董卓，董卓对皇甫嵩更加怨恨。为了避免朝廷猜疑，董卓只带五千兵士向并州出发，但却停留在河东郡不前，以观京师局势。
中平六年（一八九年）四月，灵帝病笃，急召何进入宫，商议后事。何进起身屠家，因其妹入宫为贵人，生皇子刘辩，立为皇后，才得重任。灵帝又宠幸王美人，生皇子刘协，何后嫉妒，鸩杀王美人，将刘协养于董太后宫中。董太后乃解渎亭侯刘苌之妻，灵帝之母，初因桓帝无子迎立为帝。董太后曾劝灵帝立刘协为太子，灵帝偏爱刘协，欲立之，偏病危。中常侍蹇硕为了不使大权落入何进之手奏帝：“若欲立协，必先诛何进，以绝后患。”灵帝然其说，宣何进进宫。
何进刚到宫门，正遇司马潘隐，对他说：“不可入宫，蹇硕欲谋害大将军。”何进大惊，急忙退回家中，召诸大臣商议尽诛宦官事宜。典军校尉曹操劝说：“宦官专权，起自冲帝、质帝，朝廷滋蔓极广，怎能一下杀尽？倘若机密泄露，必有灭族之祸。”
何进叱责说：“汝小辈安知朝廷大事！”正说着，潘隐来到说：“灵帝已崩。蹇硕与十常侍商议，秘不发丧，矫诏宣何国舅入宫，欲绝后患，然后册立刘协为帝。”
…。。