熟睡之际，用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。
随后，张贵人谎称皇帝于睡梦中“魇崩”。
后来见过史学家吕思勉怀疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶散布的谣言，但他被宫人弑杀应属无疑，从而暗示孝武帝之死很可能是司马道子父子及其党羽王国宝等人策划的阴谋。
司马曜死后，谥号孝武皇帝，庙号烈宗，与孝武定皇后王法慧共葬于隆平陵，由太子司马德宗即位，成为东晋的第十位皇帝。
同时司马德宗继位，次年正月改年号为隆安，立妃王神爱（王羲之的孙女）为皇后。
司马德宗愚笨，不擅长说话，据《晋书·帝纪第十》记载他甚至连冬夏的都无法区别。因此司马德宗继位后东晋皇帝的权力大大下降，朝外许多将军实际上自立，不受君命，朝内的权力也落在了大臣手中。安帝初期朝廷政策主要由会稽王司马道子及其子司马元显主持。
兖州刺史王恭和豫州刺史庾楷因对尚书左仆射王国宝等不满而领兵造反，司马德宗不得不杀王国宝来平息这场叛乱。
次年，王恭、庾楷协同荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄等再次谋反，叛军一直攻到建康附近才被平定，王恭被杀。
与此同时，在浙江、江苏一带孙恩的叛军众多。
同年，桓玄自江陵起兵攻入建康，废杀司马道子、元显父子，自封为丞相、太尉。从此成为东晋的统治者。他于同年秋又自号楚王、大将军。
司马德宗因为桓玄建立桓楚帝国被迁至浔阳，刘裕举兵攻桓玄，桓玄军队大败。
桓玄挟安帝逃往江陵，三个月以后桓玄被杀，司马德宗复位，但好景不长，几天以后桓玄的将军桓振又攻陷江陵，司马德宗又一次被俘。
直到十个月以后，司马德宗才脱离叛军之手。
桓玄的叛变终于摧毁了东晋的皇权，刘裕成为东晋举足轻重的人物，为宋朝的建立奠定了基础。
在东晋休养生息四年以后，刘裕开始北伐，攻南燕，屡战屡胜，一年后的春天终于俘虏南燕皇帝慕容超，灭南燕存在了十二年的南燕帝国至此灭亡。
由于蜀军不愿离乡背井，因此发生兵变，东晋于准备多年后，太尉刘裕以朱龄石为帅再伐西蜀，蜀军望风而溃，成都陷，谯纵自杀，西蜀亡，至此存在了八年的谯纵的蜀国灭亡。
在蜀国灭亡的第二年，刘裕在朝中独掌大权，排挤和迫害与他不和的大臣，矫安帝诏以令外地刺史。
因为
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