希腊人的教堂由国家出钱重新修建、翻新；占西西里人口80%的***获准按照过去一个世纪的方式生活，也可以继续坚持100年以来的信仰。
负责税收和司法的地方政府得以保留，新的行政机关还吸收了东正教教徒和***教信徒。
唯一严重的阻力来自西西里东南海岸的主要城市锡拉库萨的埃米尔，但罗杰必须要亲自面对这个敌人。
巴勒莫沦陷后，吉斯卡尔带着大部分兵力离开了西西里，再也没有回来。
攻取锡拉库萨的第一步是要确保切断它与北非的联系。
柏柏尔军队仍然分布在西西里周边，马赫迪耶的埃米尔也在制造麻烦，令人觉得不祥。
不过内战切断了他和北非内陆的联系，因此急需西西里的小麦。
罗杰深知他的困境，聪明地提出签订专用贸易协议，为马赫迪耶提供一切所需的粮食，从而使他保持中立。
作为回击，锡拉库萨的埃米尔突袭罗杰领地上的一个修道院，劫走一些修女，强占为妾。
这一行径极有可能引发宗教战争——这是罗杰不惜一切代价也要避免的结果——于是他立即采取行动。
罗杰召集大军，其规模前所未有。
他派舰队从海上封锁该城，并从陆上进军。
舰队率先到达，与***船只在海上交战，地点正是1500年前雅典海军在伯罗奔尼撒战争中失利的地方。
这次战争同样起到了决定性的作用。
埃米尔亲自指挥战船，但不幸从船上落入水中。
手下惊恐失措，还没来得及施救，他便已经被装甲部队拽入水底。
锡拉库萨抵抗了数天，但失去了埃米尔，当地军民无心殊死一搏，最后选择投降。
这次胜利实际上消除了***在西西里的势力。
尽管尚有残存势力，但双方都意识到战争结束指日可待。
之后30年，罗杰大多时间都在无情地镇压这些势力。
到了公元1086年春，唯一仍在反对他的埃米尔只有伊本·哈穆德（ibn hamud）。
此人盘踞西南海岸的阿格里琴托（agrigento），但其势力源于西西里岛中心地区城市——恩纳的一座堡垒。
那座堡垒固若金汤，罗杰和罗伯特都曾试图攻取，但无一成功。
而且由于资源有限，再次发动正面攻击显然不会产生作用。
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