清政府在澎湖设立了不少机构，民政有澎湖厅，军政有水师协。
这里主要还是一个军事地区，赋税是整个满清最低的，就连官府都用奇穷称呼，因为海岛土壤实在贫瘠，靠天吃饭，主要营生依然得靠打渔。
人口也不多，乾隆三十二年统计，共人户二千八百零二户，男女共二万五千八百四十三丁口。其中东西澳、妈宫市为户共四百七十有奇，男女四千六百有奇；西屿、林投次之；而吉贝仅六十四户。
官府征税“通共年征正额、溢额、首报、新收地种、船、网、缯、沪等银六百零九两五钱二分七厘”，而支出“是地设官、设营，每岁赔累以三、四万计。”
这样一块地方，如果不是战略位置重要，清政府都懒得要。
清朝文人评价说，“凡台湾有事、内地舟师东征，皆恃澎湖为进战退守之地，所关于沿海大局者，正匪浅矣。”
这也是为什么陈周全要朱濆攻打澎湖的原因，也正是周琅之所以答应帮忙的原因。
澎湖是台湾的咽喉，自古以来，只要不打下澎湖，就打不下台湾，当年施琅也是先打下澎湖，后才敢打台湾，之前满清八旗军官直接攻台，结果惨败而归，水师全军覆没。
因此只要朱濆占了澎湖，那么清军要对台湾动手，海路必攻澎湖，陆路则会重点打击陈周全，周琅在台湾南部发展，清军就鞭长莫及了。
这才是周琅答应帮忙的主要原因，至于结盟和要木材，那只是添头。
俩人谈好之后，周琅立刻下令筹备出征事宜。
邱通、林发之、张表三个海盗小头目也终于有事可做了，他们在军营中苦训，已经训的不想做人了。
海盗懒散惯了，却要接受菲舍尔派遣的夷人军官的严格训练，能习惯才怪。唯有摸着口袋里的银元，他们才能稍微平衡一下心情。
他们跟步兵训练不一样，没有要求他们联系火枪，就是一个劲的联系步伐和军姿，就是磨他们的性子，培养他们的纪律性，一转眼就训练了两个月。
但他们还不能独立作战，他们的船周琅看不上，新造的船还没有打造好，他们是去战场上观摩的，让他们学习洋人是怎么进行海战的，观摩完了，回来还得训练。
周琅手下六艘武装商船，周琅全都派了出去，因为朱濆打澎湖不下，主要原因就是火力上无法压制澎湖清军炮台，周琅当然要集中火力，每一艘船都是宝贵的火力。
朱濆的前期工作做的不错，他在攻打澎湖
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