灵帝下诏书征董卓为少府，实乃明升暗降之意，为的是夺其兵权。董卓不肯受命，上书推辞道：“吾下属的湟中义从、匈奴士兵都来拦住我的车马，苦求吾不要抛弃他们。吾制止不了他们，只能留下来宽慰他们，不能离开，还请圣上见谅，如果情况有变动，吾再向朝廷汇报。”
汉灵帝也无可奈何，自然是十分担忧。中平六年春二月时，凉州叛军围攻陈仓县城达八十余日不克，疲敝而退。皇甫嵩下令追击，董卓劝阻，认为“穷寇勿追，归众勿迫也。”
皇甫嵩则认为：“叛军是丧失斗志的疲惫之师，而不是归众的穷寇也，实乃追而歼之的最好时机。”
随后皇甫嵩命董卓殿后，则自己亲率大军追击。此战一路上连战连胜，斩叛军首级万余枚，叛军首领王国逃走后不久，便病死在逃亡的路上了。由此皇甫嵩一战成名，深得汉灵帝的赏识。董卓因此十分忌恨皇甫嵩，认为是他挡了自己的升迁之路，不肯给自己机会。
此时的汉灵帝已是病入膏肓，时日无多了。因此他再下诏书，拜董卓为并州牧，其属下军队转交给皇甫嵩，好借机以绝后患。
然董卓只接受任命，但是却不肯交出军权。他上书辩解道：“吾掌兵十年，士卒上下和我关系太好了，都要为我拼死卖命，吾乞求带上这些士兵前去并州，好一起效力边垂，尽到自己守边疆之决心矣”。
皇甫郦劝说叔父皇甫嵩趁机除掉董卓，皇甫嵩不从，只是将董卓不肯交出兵权之事，据实上奏了朝廷。于是，汉灵帝又再次下诏书责备董卓，董卓自然对皇甫嵩更加怨恨了。
最终董卓不敢再违抗圣命，只带走了五千人嫡系军马，这些人一起随他向着并州出发。但是董卓只是带兵停留在河东郡，就借故身体有恙，停滞不前了。因为董卓也曾听闻汉灵帝病重，他要在此间审时度势，再做定夺。
然而到了四月，汉灵帝驾崩，随即大将军何进便实际掌权了。而大将军何进却与司隶校尉袁绍合谋，要诛杀当朝宦官。而因皇帝年幼，掌权的何太后却不肯下诏，于是何进、袁绍便私招董卓领兵进京，以此来逼迫何太后就范。
董卓得知后大喜过望，他立即动身，赶往京师洛阳。同时，董卓上书弹劾中常侍张让等十位宦官，直柬其罪行，希望当今天子能够为做主，为天下百姓做主。其实董卓此信，就是为了自己，进京平叛事先找好的借口而已。
可是不久后，大将军何进却又反悔了，他便便派谏议大夫种劭，劝阻董卓，令其不要进京。种劭在黾池见到董卓
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