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第二个原因就是凭借着他对历史的了解，历史上李自成之所以轻松的拿下了北京城，其中有一个很重要的原因，对大明王朝非常不利，那就是在崇祯十六年的时候，整个华北地区曾经发生过一次规模非常大的鼠疫疫情，造成了大量的民众死亡，波及面非常之大，军队这样人员密集的地方，鼠疫的危害更是严重，造成了北方明军大批死亡抑或是丧失了战斗力。
结果在李自成在率军北上的时候，北京城之中基本上已经是十室九空，守御京畿的明军也基本上丧失了战斗力，使得李自成相对比较轻松的拿下了北京城，控制了华北地区，如果不是这样的话，李自成想要轻松拿下北京城也不是一件很容易的事情，所以说这场未来可能发生的大鼠疫，也是造成明朝覆亡的客观原因。
现如今如果按照历史上来说，才刚刚到了崇祯十五年间，肖天健不知道北方未来还会不会发生这么大规模的鼠疫情况，如果现在就立即定都北京城的话，势必要牵动大批人员和军队北移，一旦北方再按照历史上的那样，发生大规模的鼠疫的话，对于他大中朝来说，无疑会造成非常大的损失，甚至于可能动摇国家的根本。
故此有这一层顾虑，也是肖天健迟迟未下定决心定都北京城的原因之一。
现如今诸臣又一次提出了定都议题，很显然如果肖天健不做出一个明确的决定的话，对于今后政事的发展，肯定会起到不利的影响。
听着两派意见各持己见，在朝堂下争论纷纷，肖天健咳嗽了一声抬手止住了正在争论的诸臣，沉吟了一下之后，开口道：“诸卿都是为国着想，定都之事也确实不宜久拖不决，诸卿的话都有道理，看到诸卿为这件事争论，朕其实很高兴！
至于定都于南京还是北京这件事上，两厢都有好处，但是也都有缺点，朕意还真是一时难断呀！
不过从长远来说，朕却以为，定都北京利大于弊，假如定都北京的话，无疑对于北方的经济人口的恢复助益良多，而且还可以震慑北方，可谓是三全其美之事，虽然前期会因为漕运增添负担，但是朕以为这件事并不是什么难办之事！
大明漕运弊政太多，而且漕运消耗甚大，滋生出不少的腐败，以朕来看，如果想要革除这样的弊端，漕运完全可以海运取代，海船可以造的更大，单船运量可以更多，沿途消耗也会更少一些，而且速度还可以提高，免去了沿途通过各个船闸之繁，而且海船可以直抵天津卫靠岸，如此一来免去了不少的开销，所以今后一旦定都北京的话，对于漕
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