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警察的问题解决了，那么下一步就是检察官和法官的问题了，这一点肖天健决定从上至下进行改革，类似法院的东西，古代也不是没有，大理寺其实就是相当于国家最高法院，所以肖天健就现在大理寺下手，令大理寺今后便执掌审判之事，名为大理寺，实质上行的便是后世的法院之职，人员也都以熟悉法学之人充任，职权独立，不受任何人干涉，名义上只对皇帝负责，拥有完全独立的审判权力，省的各级官员动辄就插手干涉审案之事。
而且肖天健决定，将大理寺先设置到地方的府一级地区，今后条件好了之后，再朝州县一级铺开。
这一下法院系统也就建立了起来，接着肖天健便又在刑部下设置了司狱系统，这个司狱古来有之，就是专司执掌牢狱之事，所以不算是新创，不过却要在全国今后建立起专门的监狱，以供罪犯服刑之用。
犯罪的人，该杀的杀，罪大恶极之人，还是判处凌迟，这在这个时代，这种酷刑还是有存在的必要的，毕竟人权这东西，现在还没人提出来，肖天健也认为，有些混账东西，刮了都不解恨，所以他并未废止凌迟之刑！另外判处死刑的，也可以斩首，罪责轻一点的也可以判绞刑，总之根据犯罪轻重，死刑方式也进行区分。
对于那些罪不至死的罪犯，就判决活刑，活刑之中，又分为徒刑和体罚之刑，体罚类的刑罚，肖天健下旨废除了割鼻、挖眼、割耳朵、穿面这一类的酷刑，而是改为了鞭挞。
肖天健很欣赏后世新加坡的鞭刑，认为通过这样的鞭刑，也可以惩治一些犯错之人，让他们体验到犯罪的可怕，今后不敢轻易再犯，但是割掉鼻子、耳朵，就太残酷了一些，所以他便以鞭挞之刑，替代了这些使人致残的酷刑。
徒刑就好说了，肖天健决定，对原来的徒刑加以改善，在各地设置类似于后世的监狱，让判刑的犯人进入到监狱之中服刑，这么一来，可以集中罪犯，来充当免费劳役，集中起来干一些活，比如说国家出资的修河堤、修路、开垦农场、开矿之类的事情，让这些罪犯去干，还是比较合适的！省的还要白花钱养活他们，劳动力是要充分的利用起来的。
但是肖天健没有彻底取消流刑，因为他又另外的打算，今后大中朝肯定是要开疆拓土的，这一点他坚信不疑，而且今后开拓的疆土，肯定生存条件会相对恶劣，单单靠着鼓励汉人移民，先期难度很大，所以一些犯人便可以判处其流刑，先期将他们发放到边远之地负责开拓和建设基础设施，当边远之地基础条件好了之后，
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