所以别看肖天健领兵北伐，但是对于福建一带的郑氏集团的关注却从未放松过，在他刚刚拿下南京，并且立国称帝的时候，肖天健已经开始安排大量的特情处的细作南下进入到了福建以及两广等地，开始搜集那边的情报，并且开始了暗中分化郑氏集团的力量，怕的就是郑氏集团不肯投降他大中朝，今后利用他们的海上优势力量，和大中朝作对。
现如今郑芝龙却还是在福建扶植起了一个朱家后裔，看来最起码现在郑氏集团没有打算要投顺他大中朝了，这件事就麻烦大了。
所以肖天健在得知了消息之后，一刻都没敢休息，立即将北方的事情安排了一下之后，马上便带上刘耀本的近卫第二师离开了北京城，赶往通州在那里分批坐船，顺大运河南下赶往了他的大中朝临都南京。
不过为了保证北方的军力不会因为近卫第二师南下被大幅削弱，肖天健临行之前，命令刘耀本将近卫第二师的大部分火器装备也留在了京师，移交给了罗立，用以充实北方战区的新编兵马，至于近卫第二师的装备好说，南下之后，很快便可以在南京一带重新武装起来，如此还省去了不少运输的麻烦。
对于北方战区来说，因为大中军以迅雷不及掩耳之势，迅速的击败了明朝的残余兵力，并且干净利落的干掉了南下的大批建奴军，所以令京辅之地除了个别的地方之外，没有再遭受太重的兵祸，特别是轻松拿下的京师，保存了京城内的不少原来明朝兵仗局的工坊也没有破坏，大批京城内的工匠还留在京城，这些工匠可是眼下的国宝，其中手艺高明的工匠起码有两千人以上，肖天健入京之后第一时间，便下旨厚待这些兵仗局工匠，包括管理兵仗局的一些太监也予以了保护，在京城内局势刚刚稳定下来，便下旨将京师兵仗局改为了大中北方军工厂，并且下旨拨银，开始恢复生产，原兵仗局下的工匠，每个人先发给五两银子和部分粮食，让这些工匠们安心下来，开始转而为大中朝做事。
同时下旨将原来各地的匠作营，全部划归于工部之下，并且将其改称为军工厂，在工部之下，成立起了一个军工部，统管各地的的军工生产，满足各地军队的需求，军队自身今后不得控制兵器生产，而是要按照兵部下设的总后勤部统一调拨，如此一来，更加强了对各地军队的控制，另一方面也理顺了各部的管理关系。
经过肖天健的调整之后，大中朝形成了军队需要武器，先是由诸军提出要求，递交给总后勤部审批，总后勤部审批之后，交给兵部列出计划，然后提交给肖天健批阅，然后
…。。