赵元佐在雍熙元年（984年）听到廷美在房州去世的消息顿时精神失常，他的病实在是受到太宗迫害廷美的刺激而引起的，病情来势汹汹，已经不能上朝。
次年重阳节，太宗召诸子会饮；未召他参加，赵元佐纵火焚宫；宋太宗不得不将他废为庶人，幽禁起来。
宋太宗次子赵元佑接替长子元左当上了开封府尹，取得了准皇储的地位。
赵元佑又叫赵元僖，与元佐不是同母所生；他担心太宗的心理天平会再次倾向元佐，也知道赵普与元佐的关系；便趁着太宗优遇入朝的赵普那当口，建议太宗重新起用赵普。
宋太宗采纳了这一建议，端拱元年（公元988年）宰相李昉罢政，赵普与吕蒙正同时被任命为宰相。
宋太宗有意让赵普代吕蒙正，但对赵普并不放心，当面敲打他：“勿以位高自纵，勿以权势自骄”。
赵普这次入相已经六十七岁，即便心有余也力不足了；他在中书判事不到一年就请假养病了。
次年七月，有彗星现，有人鼓吹是灭辽的好兆，赵普抱病上《彗星疏》痛斥其说；使太宗打消了攻辽的想法。
由于前期的嫌隙和太宗的疑忌，赵普与宋太宗两人始终互相猜防，心存芥蒂。
宋太宗容不得有威望的宰相，赵普患得患失，也只能韬光自敛，富贵自保，尽管在宋太宗朝两次入相，除了两次劝谏伐辽的奏疏，他在政治上确实没有也不可能有多大的建树。
比比与太祖在建国前后的那段风云际会的日子，赵普这位开国宰相的晚年应该是感慨万千的。
淳化三年（992年）赵普去世，宋太宗说了一段盖棺论定的话：“赵普追随先帝和朕，最为故旧，能断大事。过去与朕曾有不快，众所周知。朕即位以来，总是优礼他，他也竭力自效，尽忠国家，真是社稷之臣！”
在宋太宗的宰相中，只有李昉的资格可与赵普一比短长。李昉是后汉进士，深受后周世宗赏识，在赵宋代周时，只有他不去朝见，因而在太祖朝他的最终官衔与他在后周时相同，都只是翰林学士。
不过，当卢多逊挤兑赵普时，太祖问李昉，李昉说：“我只是草诏，赵普所为，非我所知。”
李昉跳出是非圈外的表态，赢得了赵普的好感。他在赵普第二次入相时，出任参知政事，应与赵普奥援有关。
太平兴国八年，赵普罢相，李昉与宋琪并居相位。
宋琪虽是首相，但李昉更受宋太宗青睐。
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