混乱的权限引起了玩家不满，也让系统处于极度不稳定中。
几个月后归来的方舟子认为有必要整顿下队伍，收回部分权限。但又引起管理员不满。因为后进的管理员并不熟悉前面几个创始人，加上又是义务帮忙，发展到后来管理员们已开始自建小团队，并逐渐排斥创始人，发展到最后甚至到机器密码修改都不再告诉创始人的地步。
方舟子则强调《侠客行》不能商业化，他还是比较清醒的，一是涉及到版权，金庸就曾公开提及不会去干涉非商业化的网络运作，商业化则需要经过授权同意；二是因为程序，一开始采用的开源程序是从台湾复制二来，也不允许商业化运作。
“所以我在规划《水浒群英传》时定下三个规矩：第一，游戏引擎必须独立开发，可以借鉴《侠客行》的创意，但必须比他更好、更完善、毕竟这已是4 年前开发的程序了；第二，版权清晰无干扰，《水浒传》是公开可用的知识产权；第三，商业化运作，所有技术、维护、服务团队全部放在本公司。”
常天浩扫视了众人一眼道，“开发游戏当然是我的爱好，但世界上没有纯粹的、无缘无故的爱好。”
清华众人中最年长的宁致远点头道：“商业化我大体是赞同的，但有个问题，商业化后如何盈利？万一不能盈利，岂不是给公司一个很大负担？”
常天浩笑了：“目前要盈利确实很困难，所以这款游戏我没考虑盈利，甚至其他两个项目我也没考虑盈利，但我已把盈利内核嵌入进去了……”
“比如？”
“卖道具！游戏里的大刀长矛不值钱，不用买，场景特殊道具如鲁智深的水磨禅杖很值钱，但也不能卖，不过其他周边配套就可以卖了，比如马匹，拥有之后移动力加速、疲劳度减少；比如手套，攻击辅助加强；还比如头饰，女玩家或许愿意买一个彰显自己与众不同……”
常天浩解释道，“平衡度是这样掌握的：你不买道具，不花钱，不影响你执行游戏，但花了钱买装备你会有更好的游戏体验和形象展示，甚至还可以在某些关键节日推出升级符、传送符等装备……总而言之，氪金可以变得更强。”
张公权皱着眉头道：“这岂不是会破坏游戏体验，让人觉得不公平？”
“不，这是更高层次的公平。”常天浩笑笑，“你有充足的时间可以长期挂机刷级，有些人没有充足时间，又想玩游戏，那岂不是总是被你们虐？但他花钱就可以恢复平衡，达到你有时间我有钱的新平衡。如果一个人又有钱
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