花了一天的时间轰炸莱桑岛之后，斯普鲁恩斯没有等到第四特混舰队，同时也判断，第四特混舰队将死守中途岛，不会去管莱桑岛上的陆战队官兵的死活。在28日夜，斯普鲁恩斯就重新调整了两支特混舰队的行动，按照他之前制订的计划，在29日轰炸中途岛。
在28日上半夜的时候，第51特混舰队就机动到了中途岛东南方向的利相斯基岛附近。这里是舰队在夜间隐藏的最佳海域。唐帝国海军航空兵在中途岛上部署了大量装备有雷达的夜间侦察机，而这些侦察机可以发现海面上的战舰，却一个缺陷，即雷达无法分辨出海面上的礁石与战舰的区别。因此，夜间侦察机一般不会到岛屿附近活动。利相斯基岛附近有很多礁石，这将严重干扰雷达，让舰队躲在这里，将要比暴露在空旷的海面上更为安全，也更不容易被发现。
第52特混舰队则在夜间向北机动，舰队里的轰炸机在夜间就做好了出发的准备。轰炸中途岛的任务是由第51特混舰队执行的，而第52特混舰队的任务是掩护第51特混舰队，如果第四特混舰队出现的话，那么就将由第52特混舰队首先对付第四特混舰队，第51特混舰队在收回了轰炸机群之后，再去迎战第四特混舰队。当然，就斯普鲁恩斯本人的意愿来讲，他不希望第四特混舰队尽快出现，至少不希望在第51特混舰队的轰炸机都去对付中途岛地机场的时候出现。
天亮前一个半小时。也就是凌晨五点的时候，第51特混舰队的轰炸机就全部起飞了。斯普鲁恩斯将三艘航母上的200多架轰炸机编成了两个机群，每个机群由一个大队的战斗机护航，两个机群的轰炸机是连续起飞的，而且第一个机群地护航战斗机派在了轰炸机之后，而第二个机群的护航战斗机派在了轰炸机之前起飞，这样一来，两个大队的战斗机就将连续起飞。然后赶在第一批轰炸机之前到达中途岛上空。如果遭到唐帝国岸基战斗机的拦截的话，两个大队的护航战斗机就能同时投入战斗，而不是单独迎战，这对夺取制空权有很大的帮助。
斯普鲁恩斯之留下了一个大队的战斗机执行舰队防空任务，他并不担心舰队会遭到攻击。在他看来，就算第四特混舰队会突然杀出来，那么应该是第52特混舰队挡在前面，而第51特混舰队不会首先被发现。
莱桑岛与利相斯基岛的东南面，因此中途岛东南面的海域相对来说不利于舰队作战。而第51特混舰队就在中途岛地东南面，第52特混舰队在其北面。也就是中途岛的东面。第四特混舰队很有可能从中途岛北面
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