军团的等级是根据战绩来划分的，打了胜仗就能升级，吃了败仗就要降级。
这主要是为了激励所有军队奋勇争胜，胜仗打得多士兵的工资就高，主将的品阶也高，这样从上到下都会全力去争取胜利，不会懒懒散散，毫无斗志。
第三道旨意，将日月龙旗做为所有军团的帅旗，日月龙旗，纯黑为底，庄严肃穆，中间是一条金黄的五爪金龙，和他龙袍上的一模一样，左右上角分别是日月图案，军团等级的不同，日月图案也不一样。
一等军团日月同辉，太阳是火红色的，月亮是银白色的；
二等军团日盈月缺，太阳是火红的太阳，月亮是个只有银边中间是空的；
二等军团月盈日缺，太阳是一个火红色的圈中间是空的，月亮是银白色的。
日月龙旗，大明军队的图腾，这是后世的史学家一直在研究的一个课题，他们不明白为什么一面旗帜能让大明军队如此狂热。龙旗所到之处，明军立即像吃了狂化药剂一样英勇无畏，悍不畏死，甚至到后来，大明的敌人一看到龙旗就会惨嚎：
“天啊，日月龙旗，是大明帝国的正规军团，快跑。”
“俄滴肾啊，日月龙旗，是大明的主力，别开枪，别开枪，我们投降。”
“噢，买糕的，日月龙旗，日月同辉，是大明帝国一等军团，我们完了！”
......这些都是后话，暂且略下不表。
朱慈炅的第四道旨意就是划分军团了，在军团的定级上他并没有徇私，而是根据历次大战的战绩公平划分：
天雄军，面对贼寇主力毫不畏惧，勇往直前，一战击败贼寇势力最大的王嘉胤军团，歼敌三万余，俘虏四万余；二战击败贼寇联军主力，歼敌五万余，俘虏十万余，是当之无愧的精锐之师，定为大明一等军团，授日月龙旗，日月同辉，主将卢象升，升任提督，正一品武将衔。
禁卫军第一军团，在建奴第一次偷袭京师战役中，击败建奴攻城大军，护卫了京城安全；在辽东大捷中击退建奴主力，并参与盖州攻城战，战功卓绝，定为大明一等军团，授日月龙旗，日月同辉，主将秦良玉，继续任提督，正一品武将衔。
秦军，在陕西剿贼战斗中表现优异，在辽东大捷中表现同样优异，定为大明二等军团，授日月龙旗，日盈月缺，主将孙传庭，升任提督同知，从一品武将衔。
关宁军，在辽东大捷中表现同样优异，定为大明二等军团，授日月龙旗，日盈月缺，主
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