福建巡抚熊文灿的招抚，率部降明，任“五虎游击将军”，坐镇闽南，为大明守备沿海，以防海盗、倭寇还有荷兰人的进攻。
到崇正三年二月，郑芝龙基本剿灭了福建沿海的海盗和倭寇，因功升至福建总兵，拥兵十多万，战船上千艘，威震东南！
同年六月，他将爱子郑森从日本平户接回福建老家，为其聘请了科考出身的秀才，进行启蒙教育，然后又把他送到南都金陵增长见识，激发他好学上进。
本来说好了过年之前一个月就要回来的，但眼看着就要过年了，爱子郑森不但没有回来，还让人捎回来一封家书，说什么：皇上请你前来南京一聚！
皇上现在正在南京，这个不用怀疑，福建也属于江南三省，轰轰烈烈的抓捕行动持续了将近一个月，连平民百姓都知道，这是皇上在抓捕反贼呢。郑芝龙可不是平民百姓，他不但知道皇上在抓捕反贼，还知道皇上在拼命抄家，甚至连皇上在清除东林党的反对势力他都知道。
去还是不去呢？毕竟自己是海盗出身，又拥兵十多万，万一皇上翻脸，那可就是肉包子打狗，有去无回！换成是其他人或许会难以抉择，甚至压根就不敢去，但郑芝龙只考虑了一盏茶时间就决定：去。
郑芝龙天生就是个投机分子，对局势的判断有独特的眼光，一旦他认为有利可图，便会毫不犹豫的下注。像南明朝那会儿，他一眼就看出明朝气数已尽，毫不犹豫的选择投降清朝。结果清朝是胜了，明朝也亡了，但清朝压根就看不起汉人，何况他还是个海盗，所以他不但没有因为果断投降而得到重用，反而将一家老小的性命全搭进去了。
当然，这不能怪他判断失误，在不讲信用的人面前，你再怎么判断都不会得到正确的答案。
那么这次他为什么又果断的投入崇正皇帝的怀抱呢？他之所以这么果断就是因为他收到消息，小皇帝把江南豪族的资产全部抄没了，东林党等反对他的势力也全被他一网打尽了！
明朝为什么会气息奄奄呢？归根结底就是内耗严重、资金匮乏。
现在最喜欢内斗的东林党被收拾了，可以说内耗的源头已经被掐灭了，再加上抄没江南豪族这么多资产，朝廷也有钱了，解决了这两个关键问题，大明的中兴就有望了。
这个时候小皇帝正是最需要支持的时候，现在过去投靠等于是雪中送炭；等他把一切都理顺了，大明逐渐步入正规了，他一个海盗就算主动跑过去舔人家的脚趾头，都会被一脚踹开！
机不可失，失不
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