次生代谢物生物碱类、黄酮类、萜类、蒽醌类、香豆素类、木脂素类化合物，具有不同的化学结构。
而且不同类型化合物具有类群的差异，形成不同骨架的亚结构，从而奠定了受多种因素比如，生物遗传因素、生长发育分化因素、环境因素等影响而形成存在于不同植物体内次生代谢产物的多样性。
这些化合物在植物体内通过乙酸-丙二酸途径、异戊二烯途径、莽草酸途径、氨基酸途径等复杂的生成过程和生物合成机制。
形成具有千变万化的分子结构的化合物，并赋予其具有不同的生物活性和治疗用途。
根据不同结构特点，可将主要的天然黄酮类化合物分为黄酮、黄酮醇、黄烷酮、二氢黄酮醇、异黄酮、异黄烷酮、查耳酮、二氢查耳酮、橙酮、双苯吡酮类、黄烷和黄烷醇、黄烷-3，4-二醇、花色素、双黄酮等。
另外，还有一些黄酮类化合物的结构很复杂，形成榕碱及异榕碱等生物碱型黄酮。
存在于中药中的主要黄酮类化合物有11种基本骨架结构。
根据其结构的基本特点，发现有不同类型的骨架结构，而在骨架结构不同位置被羟基或糖取代形成不同的黄酮类化合物而分布在不同中药或药用植物中。
槲皮素是最典型的黄酮类化合物。
柑橘属的多种水果均含有大量的黄酮类化合物，如橘红素和川陈皮素。
大豆中含有一种异黄酮类化合物大豆异黄酮，茶叶中的茶多酚是由没食子酸和黄酮类化合物儿茶酚组成。
中药中的植物次生代谢物种类繁多、功能复杂，一些特定结构的化合物量差异极大而且量极低。
植物次生代谢物是植物生物合成的产物，通常在中药生长的一定时间、在特定组织或器官或细胞中形成。
植物次生代谢物质从其生物合成途径可以将次生物质的质和量与药用植物的种、亚种或变种密切关联起来。
针对植物次生代谢物合成积累规律的综合研究认为：中药的道地性、个体、品系、年龄、采样部位、采样时期、样品贮存时间等差异因素对植物次生代谢物合成积累产生影响。
从分子水平认识对中药化学物质形成的影响，可以反映在基因水平、转录水平、转录后的不同步骤、不同合成方式等复杂过程的植物内在因素的影响。”
钟医说道。
“这些说请来抽象，我举个例子就明白了。
比如，黄酮类化合物均由基本的
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