者旗舰不是由生物所驾驶的战舰，舰体内部也进行了特殊设计，其就如同一只生物一般。
一处受到损毁，可以从另外的线路和能量传输通道继续控制损毁处周围的其他舰体，除非将其炸成两截，或者破坏了位于引擎和能量反应堆处的核心，不然只要没有彻底被破坏，净化者旗舰就能继续战斗下去。
而在发现体型庞大的净化者旗舰很难击毁之后，远征舰队的指挥官换了一个思路，既然从外部很难击破，那从内部摧毁不知道会不会更加简单一些。
努达尔加世界舰队的指挥官决定试一试，于是立刻抽调了几支巴达尔战士小队，准备利用空投仓，直接将这些战士打入净化者旗舰表面出现破损的位置，让其在内部安装大威力爆炸物。