时间还发生三个部门内斗，彼此之间互相算计。长此以往需要有人专门管辖，否则容易发生别的变故，统治者相处别的办法来解决。
对于皇帝来说，他们只不过是自己手中刀，哪怕再能干，也不过是奴才。为了管控这三个部门，设立一个机构，就是内行厂。某种程度上，这个机构凌驾于三个部门之上，东厂、西厂的人见了他们，都要赶紧绕着走。官员见了他，都要下跪。
过去朝臣、百姓都害怕锦衣卫、东厂、西厂，现在见了内行卫，同样怕的要死。他们不仅要负责监控百姓、大臣，还要监控三个机构。至于内行卫安排给出惩罚，更是让不少人十分忌惮，犹如“太上皇”一般。发展到后来，别人一听这个名字，就是十分恐惧。
不过内行厂存在时间，并不算太长，只有五年时间。这个与大太监刘瑾有关，这个部门成立最初为了抗衡东西厂、锦衣卫，在皇帝支持下建立。他通过大量贿赂，得到皇帝朱厚照的支持，随着权力的逐渐增加，行事变得越发嚣张。那段时间欺上瞒下，不断的贪污受贿，引起朝中大臣的不满。
多以不义必自毙，刘瑾因为自己不良行为，得到应有代价。后来被别人举报，朱厚照下令以“反叛”的罪名抓捕，将其斩首。随着刘瑾被处置，内行厂被解散。这么多年它们行事一向十分低调，众人对其不熟悉。如果说那三个部门是皇帝“左膀右臂”，那么内行厂相当于一把“刀”，有不错制衡作用。
这些特务机构鼎盛时期，可以依仗皇帝的宠信，肆意妄为。众人见了都躲着，也为自己灭亡埋下“伏笔“。事实上这些特务组织成立，某种程度上，为了服务于皇权。他们成立，以及权力的范围都是依据，皇上意思来安排，最后被撤销也是因为，影响帝王利益！