得不于洪武二十年（1387年）下令“取其刑具悉焚之，以所系囚送刑部审理”。
不过，朱元璋此举也只是在平息众怒，实际上锦衣卫还发挥着它的作用。
就在同年六月，广西都指挥使耿良便被贬为了驯象卫指挥佥事，而原因便是“良在任多不法，军士薛原桂诉之，既而镇抚张原复言其不法二十余事，上命锦衣卫廉问得实，故贬之”。
从洪武十八年（1385年）到洪武二十三年（1390年），短短五年的时间，在锦衣卫的操作下，受“胡惟庸案”牵扯的功臣便有一公、二十侯，连坐、死罪、黥面、流放者更有数万人之多。清中期文学家赵翼便曾感言，“岂有逆首已死，同谋之人至十余年始败露者，此不过借惟庸为题，使狱词牵连诸人，为草剃禽猕之计尔”。不过，毛骧作为皇帝的鹰犬，在“胡惟庸案”尘埃落定之后，最终也被处死平息众怒。
在太子朱标去世之后，朱元璋为了确保江山稳固，皇位顺利传承，朱元璋又将目光投向了蓝玉等一众居功自傲的将领。
于是，洪武二十六年（1393年）二月，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，结果先后牵连到十三侯、二伯，连坐族诛达一万五千人，又颁布《逆臣录》，诏示一公、十三侯、二伯。
与毛骧一样，蒋瓛制造了“蓝玉案”后，也被处死。
前后两次大案，虽然锦衣卫是在替皇上做事，却也让朱元璋认识到，如果放任锦衣卫如此办事，危害实在太大！
因此在“蓝玉案”之后，朱元璋便于洪武二十六年（1393年）下令禁止锦衣卫参与司法事件的处理，大小事务都由法司掌握，“诏内外狱毋得上锦衣卫，诸大小咸径法曹;终高皇帝世，锦衣卫不复与典狱，稍稍夷它军矣”，锦衣卫不再参与刑狱之事，仅剩值宿和侦察两项职责。
“靖难之役”后，明成祖朱棣夺取皇位，由于其夺取皇位的手段实在算不上光明正大，为了巩固皇位，查探朝野内外动向，再加上之后的削藩事宜，朱棣又恢复了锦衣卫的办案之权，并对其职责划分和编制进行了重新规定。（菠萝建议各位读者，可以参考一下，锦衣卫，领衔主演，甄子丹……）
朱棣不仅恢复了锦衣卫的侦缉、办案之权，同时新设北镇抚司，进一步明晰了北镇抚司和南镇抚司职权，其中“南镇抚司”负责本卫的法纪、军纠；“北镇抚司”传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱），可以自行逮捕、刑讯，不必经过司法机构。
与此同时，锦衣卫规
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