大势已定的情况下，就
令马士英为云贵总督，黄得功和刘良佐分别为贵州和云南总兵，黄得功和刘良佐都是骁将，和流贼做战多年，经验都丰富，用他们为两地总兵，就是为了震慑贵州云南两地的土司，以便更好、更快的推进“改土归流”，为建设大西南做准备。
朝廷四月发下调动命令，五月，黄得功和刘良佐分明从宣府和昌平出发，统领兵马，携带家眷，车马辚辚，往云南而去。
这一路，可谓是千里迢迢。
历经数月，黄得功和刘良佐所部方才是到了贵州，不想竟是遇上了百年一见的连续大雨，道路轰塌，前路难行，黄得功还好，他本身是贵州总兵，留在贵州即可，身为云南总兵的刘良佐却是被困在了贵州，无法继续前行。
不止刘良佐，云贵总督马士英也被困在了贵州。
为什么都要经过贵州？一来现在的官道，走贵州，过曲靖，很快就可以到昆明。第二，某种意义上也是一路震慑土司，宣扬朝廷的军威。
进入十月，雨季过去，云贵总督马士英调动指挥，征调几十县的民夫，抢修道路，眼见道路即将通畅，刘良佐正准备带兵往昆明，不想此时却传来了云南土司叛乱的消息。
----这份紧急军情，是军情司通过飞鸽，又六百里加急急报京师的，如果是驿站信骑，最少还得一个月，京师才能得到消息。
吾必奎和沙定洲叛乱，民心大惊，云南巡抚瞿式耜和世镇云南的沐王爷沐天波坐镇昆明，一边急报朝廷，一边召集其他仍然忠于朝廷的土司，加上自有的兵马，试图剿灭两贼的叛乱，但这两个土司是为云南土司之中，实力最为强大的两人，他们兵马最多，粮草也最多，其他土司摄于他们两人的威名，虽然是接了瞿式耜和沐天波的命令，但却迟迟不愿意派出兵马。
与此同时，吾必奎和沙定洲封闭了进入云南的道路，聚集兵马，准备攻取昆明。
情势危急了。
“传旨，西南即刻筹集粮草和辎重！”
“命令马士英，即刻统领黄得功、刘良佐入滇平乱，对于叛乱的土司，从重从快，不必有任何的姑息！”
……