次年拜户部尚书兼翰林院学士，不久又兼摄吏部。
十七年，李自成逼近北京，倪元璐请修南京宫殿，以备不测，但未被采纳。三月，北京失陷，倪元璐说，国家到了如此地步，死是我的本分，遂自缢以殉节。
……
是前世里不同，倪元璐这一次出仕，并非是因为京师危急后的忠君，而是在隆武帝继位之后，他隐约的看到了一些希望，于是当周延儒倒台，首辅变成蒋德璟之后，他便欣然接受朝廷的召令，往京师赴任。
隆武帝对倪元璐极为敬重，倪元璐到京之后，直接入阁为大学士。
最初，倪元璐对年轻的隆武帝并没有什么了解，他只是觉得隆武帝英武有朝气，更有魄力，虽然有很多的动作和行为，十分的出格和荒诞，几乎是赶上了当年的武宗皇帝，但本性聪睿，只要劝导有方，就一定能将年轻的皇帝导回正轨。
但入阁一年多，他渐渐感到，他对年轻皇帝的看法和想法，都太肤浅了。
隆武帝虽然仁善，但却是一个相当有主见的君主，但是决定了的事情，就不会更改。
说实话，做辅臣的这段时间，倪元璐并不是太愉快，准确的说，是一直处于矛盾和纠结之中，一方面，大明内外形势大大好转，建虏连续三败之后，暂时无力对大明兴起大规模的进攻，李自成张献忠更是先后被灭，祸害大明十几年的贼乱，渐渐平息，这一切，都是陛下的文治武功啊，若没有陛下的废除辽饷，追缴逮赋，改革盐政，查抄贪官奸商，朝廷怎么能有银子和兵力，完成上面的这些壮举？
从这一点来，倪元璐对年轻的皇帝是钦佩无比的。
但另一方面，陛下却又非常明显的显露出了对“圣人之学”的抗拒，不说改革科举，在最后的殿试中加入农业和数学，只说将每月一次的经筵，陛下极度敷衍的态度，就是非常非常的明显，一年十二次的经筵，竟然无故取消了三次，如果不是群臣力争，说不定会取消的更多。
对圣人不尊，离经叛道啊。
在这个时代，离经叛道是很重的罪名，几乎等同于不孝和不忠。天子为天下人的表率，就更是不应该了。
身为臣子，必须纠正。
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