二年出任河南巡按，在职期间正好遇上了流贼围攻开封，作为纪检官员，高名衡在河南巡抚李仙凤带兵救援洛阳、开封城防空虚之时，毅然决然的担当起了防守指挥的重任，在祥符知县王燮、推官黄澎等人的配合下，成功守卫了开封，此后被朝廷拔擢为河南巡抚。
如今形势下，河南巡抚是一个相当危险的职位，不止是大半个河南都已经落入了闯贼之手，更恐怖的是，开封处在李自成大军兵锋之前，随时都可能被再次围攻，高名衡深知肩上的重任和面对的险境，从上任的第一天就殚精竭虑，为开封城防苦苦思索。两月之前，他收到兵部的函文，指流贼下一次攻打开封，可能会采取“围而不攻，久围困死”的策略，河南巡抚衙门需早做准备。
最开始之时，高名衡是有所怀疑的，因为兵部的函文居然明确指出，流贼再攻开封的时间，会在五月端午的前后，兵无常势，水无常形，兵部怎么可能知道流贼准确的进攻时间？不过等到归德府在三月末失守之后，他对兵部函文不再怀疑，因为商丘失守的时间和兵部函文所说完全一致，从那时起，他就全力为五月端午日做准备。
半月前，经兵部和户部从中协调，高名衡向山西巡抚蔡懋德借调的一万石粮食运入了开封城。开封虽然是中原经济中心，市井繁华，在外人看起来开封肯定不会缺粮，但身为河南巡抚，高名衡心中却比任何人都明白，开封不缺银子，但城中粮食的储备却远远不够，加上人口众多，如果流贼真的实行“围而不攻，久围困死”的策略，开封还真是不能坚持太久。
不过他对“围而不攻，久围困死”的策略还是有所怀疑的，因为开封是大城，朝廷不会不管，一定会派大军来援，就像流贼第二次围攻开封之时，左良玉大军一到杞县，流贼就自动退走了。
因此对提前抢收麦田之事，高名衡心中是有顾忌的，如果流贼不来，不要说同僚的参劾，就是老百姓的唾沫也能把他淹死。他是河南巡抚，能否聚集人心，官绅百姓的支持非常重要，若没有百姓的支持，只靠城中的官军根本守不住开封，在官绅百姓一致反对提前收麦的情况下，他不能强来，只能晓以大义，温言劝说。
也因此，抢收麦子之事进展的很不顺利，十天之前，兵部再次发来函文，严厉斥责他在“抢收麦田”事件上的消极作为，作为地方督抚，其实他的官职和兵部尚书齐等，并没有上下级的关系，兵部尚书陈新甲从来都不敢用严厉的口吻和地方督抚来往公文，高名衡一看就知道就是出自兵部侍郎吴甡之手。
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