接下来的剧情进展就很快了，小智等人来到了一个叫做三圣岛的地方，因为这个地方有三座小岛，传说上面栖息着三圣鸟，也就是火焰鸟，急冻鸟，以及闪电鸟。
在三圣岛的周围，还聚集着一些专门祭祀三圣鸟的人类，一开始，都是一些日常剧情，以及小智挑战三圣鸟，然后败的惨不忍睹之类的，轻松欢快的剧情。
而观众们的心情也是非常愉悦的，三圣鸟虽然是在《口袋妖怪红·绿》里面就已经登场的口袋妖怪，不过作为种族值仅次于超梦和梦幻的存在，三圣鸟的人气还是很高的，所以观众们对于三圣鸟也非常的喜欢，很多粉丝也喜欢相互之间进行辩论，争执三圣鸟究竟是不是拥有梦幻级别的能力等等。
所以当观众们看到小智和三圣鸟互动，甚至进行战斗的时候，观众们个个都激动不已，还以为小智终于要收服三圣鸟这个等级的强大存在了。
但是很快，邪恶的反派就登场了，有一个叫做基尔邦英的宝可梦收藏家，为了能够收服三圣鸟，在三圣岛的附近，建设了一个强大的基地，这个基地中拥有能够困住三圣鸟的陷阱。
然后这位收藏家就发动了对三圣鸟的攻击，借着三圣鸟出去接受朝拜的机会，立刻自己精心制作了三个陷阱抓住三圣鸟，同时也让三圣鸟成为了自己的收藏品。
“这剧情有点套路呀！”看到这里，还是在观众们不由得嘀咕道。根据他们的经验，接下来的剧情，就应该是我们的小智大战基尔邦英，然后解救三圣鸟的故事了。
但事实证明，这些观众想的太简单了一些，在基尔邦英同时抓住了三圣鸟之后，意想不到的事情发生。
根据岛上的传说，三圣鸟是不能够见面的，否则会发生天塌地陷的巨大灾难。而基尔邦英抓住了三圣鸟之后，居然将这三只鸟放在一起进行展示。
当然了，这对于一个收藏家来说，是无法避免的欲望，但是却触发了三圣鸟之间的诅咒，让三圣鸟瞬间狂化，基尔邦英精心打造了三个铁笼，已经无法控制三圣鸟了，最后三圣鸟破封而出，将基尔邦英的基地给彻底毁灭。
然后这个剧场版唯一的反派人物，就这么直接被他精心搭建的堡垒的废墟给压死了。这家伙从登场到死亡，总共还不到20分钟的时间，堪称是绝大部分电影里面死的最快的反派了。
但故事并没有因此而结束，三圣鸟不能见面的诅咒被激活了，于是全部陷入狂化状态的三圣鸟，开始了疯狂的战斗。
一时之间整个大海都变成
…。。