朱元璋不否认过去，理学确实有助于统治。
三纲五常，这些在以前儒家思想里，只是伦理道德，但在程朱理学里，这就属于“天理”的范畴了，所谓的“君臣父子，天下之定理”，是浩荡皇恩还是雷霆风暴，都是天理。
还有，良知是天理，你没良知，就是没了天理，所以，个人道德的约束很强。
包括存天理、灭人欲，对于朝廷来说是一把极好的工具，都存天理了，没那么多欲望欲求，官员自然不会贪，百姓自然不会闹。
理学的天理，本质是道德神学，服务于神权与王权。
元朝之所以能维持近百年国运，理学是功不可没的，就因为理学被元朝不断弘扬，强调君臣大义，弱化华夷之辩，让理学成为天下读书人的普世观点，所以赢得了一大批理学儒生的支持。
红巾军起义的时候，镇压红巾军的人里面，不乏是理学大儒与理学世家。
从历史来看，理学对皇权稳固、统治官民大有好处，理学又与宗法制度、伦理制度绑在一起，是维系纲常体系绝佳的力量。
但现在——
朱元璋杀掉了理学为主的儒官，连带着清除了一大批理学大儒，明摆着彻底改变了开国之初对理学的推崇、拥护与支持态度。
面对马皇后的目光，朱元璋坦然道：“以大远航结束，顾正臣率领水师返回金陵为标志，开国前十五年，朕对理学很是器重，不仅想过认朱熹为祖宗，还动过将朱熹理学作为科举考试的唯一内容，一切不明白，不精通，不赞同、不顺应朱熹理学之人悉数罢榜！”
“可格物学院的发展，让朕看到了另外一种可能，也看到了一股蓬勃而富有生机的力量，看到了沉闷的理学之外，实干派与方法派的活泼与对地方治理的积极性。”
“这不由得朕不思考，理学兴盛，必然遏制格物学院的学潮，事实上，格物学院这些年来遭遇的风波确实很多，甚至有人借天变来打压格物学院。但格物学院都挺过来了，从那里结业的弟子，一个个都带着朝气，包括秦王、晋王与燕王——”
“妹子，他们什么样子你是知道的，两个蠢货，一个武夫，可回头再看，秦国彻底站稳了，还将你我雕了巨大的石像，告诉那些人，朕与你便是太阳神与月亮神！”
“晋王也有出息了，燕王更是文武双全，打仗是一把好手，周王如今在救死扶伤。格物学院教化了人，改变了人，它错了吗？它又有什么错？理学一定要让格物学院死，因为他们怕了，怕
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