中反抗，甚至会扶持新的代理人。想想当初多尔衮率数万八旗健儿就可以纵横中原，几十万女真人竟然统治了数亿汉人达二百六十八年，其中的原因值得深思。
为了解决教育资金的问题，朱由校命魏忠贤坐镇南京，严厉整顿东南盐矿，由司礼监和内阁共同监管具体的账目，东厂和锦衣卫全程监督涉事官员，力争在三年内恢复到明太祖、成祖年间的八位数。另外，他密令在石见银山的戚报国和王承恩扩大开挖的规模，所有银矿全部运至天津进行熔炼，然后交由内务府和户部负责货币的制作。
至于士族内部的抵触，朱由校决定联合勋贵和商人进行挤压，只要他手里有兵权和钱袋子，就不担心天下易主，而且修改科举内容和扩大生源，寒门也能够出贵子，这将从根本上打破士大夫的垄断地位，臣权被进一步削弱，民权得到一定程度的提高，国家的军政大权会牢牢的控制在君权手中。