态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件(补充图S10)。值得注意的是，3QARM扩增在T790M?组(57%)高于T790M+组(13%)，并且是唯一有统计学意义的ARM水平事件(图1E，EmbeddedImage-TESTP≤0.001)。我们证实了染色体3Q基因(包括SOX2)在3Q臂增加的患者中有较高的表达(补充图S11C)。为了了解TKI治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。在治疗-初始队列中，38例中有7例(18%)出现了3Q增加(补充图S3)肿瘤。这一结果明显低于T790M?(P=0.003)，但与T790M+患者相似(P=0.53)，提示3Q扩增可能是T790M?肿瘤特异获得的。有趣的是，染色体3Q含有鳞状细胞系转录因子TP63和SOX2，是肺鳞状细胞癌的主要特征，但以前与肺腺癌无关。
接下来，我们研究了与EGFRTKI耐药相关的突变过程。在肺腺癌中发现了公认的突变特征，即衰老、APOBEC、DNA双链断裂修复、吸烟和DNA错配修复。与T790M?相比，EGFRT790M耐药肿瘤对衰老信号的相对贡献率更高，这与EGFRT790M点突变的三核苷酸背景下AG的最高概率核苷酸变化一致(补充图3S12和S13)。相反，与T790M+肿瘤相比，非衰老特征(吸烟、载脂蛋白BEC和DNA修复)在T790M?中的比例显著高于T790M+肿瘤，暗示了驱动T790M?抗性的另一种突变过程。总体而言，这表明T790M耐药性可能不太可能出现在具有较大比例的活跃的非衰老突变特征(例如吸烟/APOBEC特征)的肿瘤中。
我们使用WES数据估计了每个肿瘤样本的癌细胞比例(纯度)，并使用转录组去卷积方法Tumera估计和比较了T790M+和T790M?肿瘤中癌症和间质(非恶性)细胞中的基因表达。值得注意的是，我们推测在T790M?肿瘤的癌细胞中，肺腺癌标志基因如NAPSA、NKX2-1、SFTA2和SFTA3的表达普遍且几乎完全丧失。此外，我们观察到鳞状细胞癌或神经内分泌癌的组织学标志基因在一小部分T790M?肿瘤中的表达增加(n=4，27%。这些发现得到了多重免疫荧光的正交验证，证实了与T790M+肿瘤相比，T790M?癌细胞中NAPSA和NKX2-1(TTF-1)的表达降低(图2D；补充图S14)。值得注意的是，对三
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